弗萊明一度認(rèn)為這種新克隆是來(lái)自他鼻腔粘液中的新球菌，還開(kāi)玩笑的取名為A.F（他名字的縮寫(xiě)）球菌。而他的同事Allison，則認(rèn)為更可能是空氣中的細(xì)菌污染所致。很快他們就發(fā)現(xiàn)，這所謂的新克隆根本不是一種什么新的細(xì)菌，而是由于細(xì)菌溶化所致。

1921年11月21日，弗萊明的實(shí)驗(yàn)記錄本上，寫(xiě)下了抗菌素這個(gè)標(biāo)題，并素描了三個(gè)培養(yǎng)基的情況。第一個(gè)即為加入了他鼻腔粘液的培養(yǎng)基，第二個(gè)則是培養(yǎng)的一種白色球菌，第三個(gè)的標(biāo)簽上則寫(xiě)著“空氣”。

第一個(gè)培養(yǎng)基重復(fù)了上面的結(jié)果，而后兩個(gè)培養(yǎng)基中都長(zhǎng)滿了細(xì)菌克隆。很明顯，到這個(gè)時(shí)候，弗萊明已經(jīng)開(kāi)始做對(duì)比研究，并得出明確結(jié)論，鼻腔粘液中含有“抗菌素”。

隨后他們更發(fā)現(xiàn)，幾乎所有體液和分泌物中都含有“抗菌素”，甚至指甲中，但通常汗水和尿液中沒(méi)有。他們也發(fā)現(xiàn)，熱和蛋白沉淀劑都可破壞其抗菌功能，于是他推斷這種新發(fā)現(xiàn)的抗菌素一定是種酶。當(dāng)他將結(jié)果向賴特匯報(bào)時(shí)，賴特建議將它稱為溶菌酶，而最初的那種細(xì)菌如今被稱為滕黃微球菌。

為了進(jìn)一步研究溶菌酶，弗萊明曾到處討要眼淚，以至于，一度同事們見(jiàn)了他都避讓不及，而這件事還被畫(huà)成卡通登在了報(bào)紙上。1922年1月，他們發(fā)現(xiàn)雞蛋的蛋清中有活性很強(qiáng)的溶菌酶，這才解決了溶菌酶的來(lái)源問(wèn)題。

1922年稍晚些的時(shí)候，弗萊明發(fā)表了第一篇研究溶菌酶的論文。弗萊明和他的助手，對(duì)新發(fā)現(xiàn)的溶菌酶又做了持續(xù)7年的研究，但結(jié)果讓人失望，這種酶的殺菌能力不強(qiáng)，且對(duì)多種病原菌都沒(méi)有作用。