其后，一戰(zhàn)爆發(fā)，賴特率他的研究小組奔赴法國前線，研究疫苗是否可以防止傷口感染。這給了弗萊明一個極其難得的系統(tǒng)學習致病細菌的好機會。

在那里他還驗證了自己的想法，既含氧高的組織中，伴隨著氧氣的耗盡，將有利于厭氧微生物的生長。另外他和賴特證實用殺菌劑消毒創(chuàng)傷的傷口，事實上并未起到好的作用，細菌沒有真正被殺死，反倒把人體吞噬細胞殺死了，傷口更加容易發(fā)生惡性感染。

他們建議使用濃鹽水沖洗傷口，這項建議到了二戰(zhàn)時期才被廣泛采納。但沖洗要盡早進行，如果傷口已經嚴重感染，濃鹽水也沒有什么效果。

此外他還和其它同事一起做了一系列其它研究，比較重要的有兩個。他做了歷史上第一個院內交叉感染的科學研究，如今院內感染是個非常受重視的問題。

另外他還推動了輸血技術的改良，作了有關檸檬酸鈉的抗凝作用和鈣的凝血作用的研究，并利用新技術給100名傷員輸血，全都獲得成功。

三、1921

1921年11月，弗萊明患上了重感冒。在他培養(yǎng)一種新的黃色球菌時，他索性取了一點鼻腔粘液，滴在固體培養(yǎng)基上。兩周后，當弗萊明在清洗前最后一次檢查培養(yǎng)皿時，發(fā)現一個有趣現象。

培養(yǎng)基上遍布球菌的克隆群落，但粘液所在之處沒有，而稍遠的一些地方，似乎出現了一種新的克隆群落，外觀呈半透明如玻璃般。