不久，李鴻章又派吳大澄等勘定吉林東部中朝國界，命丁汝昌率艦隊至海參崴接應，然后折赴長崎進船塢保養(yǎng)。七月初十日，定遠等軍艦到達日本長崎，引起日本民間的艷羨、妒恨心理。

七月十六日，中國休假水兵上岸，和日本警察及民眾發(fā)生爭斗，北洋水師總查瑯威理一度準備下令向日本開戰(zhàn)，被丁汝昌制止。最終中日通過外交、法律途徑平息了這場爭端，日本向中國賠償5萬余元。

五、統領海軍

光緒十三年（1887年），清政府命令各地督撫物色將才，分別保奏，以備任用。七月二十日，李鴻章遞交《保舉將才折》，丁汝昌名列其中。

光緒十四年（1888年）八月，清政府規(guī)定北洋海軍官制，在威海擇地建造水師公所。九月九日，總理海軍事務大臣醇親王奕譞奏準頒布《北洋海軍章程》，北洋海軍正式建軍。

九月十三日，海軍衙門根據李鴻章的提名，奏準以北洋水師記名提督直隸天津鎮(zhèn)總兵丁汝昌為海軍提督，不久賞加尚書銜。

根據丁汝昌的建議，清廷在威海劉公島設立水師學堂，培養(yǎng)駕駛、指揮軍官；在大沽、旅順設立水雷學堂，培育魚雷軍官；在山海關設立武備學堂，在威海設立槍炮學堂，培育各級專業(yè)軍官。丁汝昌在任職期間對北洋海軍和北洋海防的建設嘔心瀝血，嚴于律己，但整肅軍紀不夠嚴厲，并且對李鴻章言聽計隨，北洋海軍在其領導下，儼然為李家軍。