之后黎元洪請(qǐng)督軍團(tuán)團(tuán)長張勛于6月14日入京調(diào)解。張勛入京后，擁立宣統(tǒng)復(fù)辟。事件為段祺瑞所鎮(zhèn)壓，黎元洪于事后辭去總統(tǒng)職，總統(tǒng)改由馮國璋擔(dān)任。府院之爭(zhēng)告一段落。

府院之爭(zhēng)表面上是一次“憲法漏洞”引起的國家機(jī)構(gòu)爭(zhēng)權(quán)，實(shí)際上是內(nèi)部利益集團(tuán)的爭(zhēng)權(quán)奪利。

府院之爭(zhēng)的起因

中國國民黨和南方的地方勢(shì)力是黎元洪的依托，研究系、進(jìn)步黨和北洋督軍是段祺瑞的基礎(chǔ)。雙方在國會(huì)制憲等問題上分歧嚴(yán)重。

黎元洪一派主張擴(kuò)大國會(huì)權(quán)限，以抵制段祺瑞的專斷獨(dú)行，研究系則反對(duì)省制入憲，主張縮小國會(huì)權(quán)利，改兩院為一院，以迎合皖系軍閥專制的私利。

由于中國國民黨議員在國會(huì)人多勢(shì)眾，研究系的議案屢遭否決。在國會(huì)表決中（國會(huì)議場(chǎng)在今西城境內(nèi)），皖系軍閥首領(lǐng)便策動(dòng)北洋各省督軍，粗暴干涉國會(huì)，恣意打擊中國國民黨人。

1917年美國參加對(duì)德作戰(zhàn)，要求中國與之采取一致行動(dòng)對(duì)德宣戰(zhàn)，并答應(yīng)借給軍費(fèi)，黎元洪表示同意。而日本支持段祺瑞參戰(zhàn)，答應(yīng)借巨款給段祺瑞，以擴(kuò)充其勢(shì)力。

因日本支持段祺瑞，中國若參戰(zhàn)必有利于日本，美國遂指使黎元洪伙同國會(huì)反對(duì)參戰(zhàn)。段祺瑞召集親信召開督軍會(huì)議，決定參戰(zhàn)，并要挾黎元洪和國會(huì)同意參戰(zhàn)案，但未能得逞，于是要求黎元洪下令解散國會(huì)。

黎元洪利用人們反段要求，在國會(huì)的支持和美國公使"允為后盾"的情況下，下令免去段祺瑞國務(wù)總理職務(wù)。

段祺瑞被罷職后，離京赴津，以天津?yàn)榛?，組織脫離北京政府的各省督軍在天津成立"軍務(wù)總參謀處"，揚(yáng)言另組臨時(shí)政府，段黎矛盾白熱化。