然而，僧人達觀被拷打至死，沈令譽受刑后奄奄一息，都未招認郭正域。毛尚文雖然在利誘之下同意指認郭正域，但由于供詞漏洞百出，沒有能達到誣陷郭正域的目的。情急之下，三法司的官員又把郭正域的同鄉(xiāng)胡化抓來，要他誣陷郭正域、沈鯉，也遭到胡化的嚴辭拒絕。

為了達到誣陷郭正域的目的，沈一貫等人在東廠、錦衣衛(wèi)和三法司會審時，竟然要沈令譽家奶媽的10歲女兒出庭作證。司禮監(jiān)太監(jiān)兼提督東廠太監(jiān)陳矩問小女孩：“你看到印刷妖書的印版一共有幾塊？”小女孩根本不懂，便胡亂回答：“滿滿一屋子?！?/p>

陳矩聽了大笑，說：“妖書只有兩三張紙，印版怎么可能有一屋子呢？”陳矩又問另一個嫌犯：“沈令譽告訴你刊印妖書是哪一天？”那人也是信口開河，回答道：“十一月十六日?！眳⑴c會審的兵部尚書王世揚說：“妖書于十一月初十日已經(jīng)查獲，怎么可能在十一月十六日才刊印呢？”最高司法當局的會審，搞成了一場鬧劇，連對沈令譽的指控都無法成立，對郭正域的誣陷當然難以成立。心有不甘的沈一貫派人到沈鯉家中搜查了三天，結果一無所獲，便又發(fā)兵包圍由京返鄉(xiāng)的郭正域的坐船，企圖迫使郭正域自殺，又遭郭正域的堅決拒絕。

正當沈一貫等人加緊誣陷郭正域的時候，皇太子朱常洛得知郭正域因“妖書案”受牽連，十分不安。由于郭正域曾經(jīng)在朱常洛出閣講學時任過講官，與朱常洛關系很好，深知郭正域為人的朱常洛對有人陷害郭正域十分不滿，多次對身邊的官員說：“何為欲殺我好講官？”又傳話給提督東廠太監(jiān)陳矩：“饒得我，即饒了郭先生吧！”陳矩見皇太子力保，加上確實無法證實郭正域與妖書案有關，便有意為郭正域開脫。也正是陳矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。