“妖書(shū)案”遲遲無(wú)法偵破，東廠、錦衣衛(wèi)的壓力越來(lái)越重，便加緊對(duì)疑犯搜索。十一月二十一日，東廠緝獲一名可疑男子生彩，據(jù)他的供詞，其兄生光有重大嫌疑。錦衣衛(wèi)立即逮捕了生光，并在他家中查獲羅紋箋寫(xiě)的手稿等物證。生光原是順天府的秀才，不過(guò)卻不走正道，專門(mén)以“刊刻打詐”為生，曾經(jīng)偽造鄭貴妃的伯父鄭承恩和富商包繼志的詩(shī)，向他們脅詐金錢(qián)。

雖然生光這些事情與“妖書(shū)”并無(wú)直接關(guān)系，辦案官員卻顧不得這許多，他們把為生光刻書(shū)的刻字匠徐承惠抓來(lái)作為證人，徐承惠招供曾為生光刻過(guò)《岸游稿》12張及“妖詩(shī)”一版。掌管錦衣衛(wèi)的王之楨便據(jù)此認(rèn)定，生光就是“妖書(shū)”的作者。然而，生光雖然受到酷刑審訊，但始終不肯承認(rèn)。陳矩知道生光的確不是妖書(shū)案的作者，但遲遲不能結(jié)案，神宗必然發(fā)怒，到時(shí)候受此牽連的人會(huì)越來(lái)越多，而生光妖書(shū)案雖然冤枉，但他以前犯的事也已經(jīng)是死罪，便有意讓生光頂罪。

在他與會(huì)審官員的努力下，生光終于認(rèn)罪。據(jù)《罪惟錄》記載，參與會(huì)審的御史沈裕曾厲聲對(duì)生光說(shuō)：“恐株連多人，無(wú)所歸獄。”聽(tīng)了這樣的誘供，生光不得不自己“誣服”，以后也不再翻供。他嘆息道：“我為之，朝廷得我結(jié)案已矣，如一移口，諸臣何處乞生？”會(huì)審官員得到生光的口供，如獲至寶，急忙向神宗報(bào)告，聲稱“生光前作妖詩(shī)，繼播妖書(shū)，眾證甚確，自認(rèn)無(wú)詞?！鄙褡谟谑窍铝钊ㄋ颈M快定罪。

萬(wàn)歷三十二年（1604）四月，刑部尚書(shū)蕭大亨把三法司擬定生光“論斬”的結(jié)論上報(bào)神宗，神宗以為定刑太輕，要求從重?cái)M罪。蕭大亨心知此案證據(jù)不足，“論斬”已經(jīng)有些過(guò)重，不愿再另擬重刑，便請(qǐng)神宗定奪。神宗急于結(jié)案，便親自定罪，以“生光捏造妖書(shū)，離間天性，謀危社稷”的罪名，下令將生光凌遲處死，再梟首示眾。