生光被凌遲處死，妖書案也終于結(jié)案，但有關(guān)妖書案的爭(zhēng)論卻并沒(méi)有結(jié)束。生光是否真是案犯在朝野引起了極大的爭(zhēng)議。

有人指出，妖書案的最終定案有如兒戲。據(jù)《先撥志始》記載，參加審訊的御史余懋衡向眾官員宣布，他定罪的依據(jù)是：“昨夢(mèng)觀音大士說(shuō)：‘妖書系生光造的。’”在場(chǎng)的人聽(tīng)了莫不匿笑。此話傳到宮中，神宗也哭笑不得。

沈一貫、朱賡對(duì)“妖書”出于生光之手表示懷疑。他們?cè)痛税赶蛏褡诨实郾硎?，有關(guān)生光的證據(jù)“空洞繁言，無(wú)足推求事實(shí)”，“含糊難明”。當(dāng)然，沈一貫等人的目的是要找出所謂幕后的黑手，也就是郭正域、沈鯉。史載沈一貫的心腹錢夢(mèng)皋和康丕揚(yáng)對(duì)生光嚴(yán)刑逼供，希望他指證郭正域，生光卻對(duì)著他們大罵：“死則死耳，奈何教我迎相公（指沈一貫）指，妄引郭侍郎乎！”

刑部尚書蕭大亨想討好神宗，再三誘使生光說(shuō)出“同謀主使之人”，生光拒不服從，抗言道：“我自為之，誰(shuí)為主使？”在會(huì)審時(shí)，蕭大亨甚至把寫好的紙條塞入刑部主事王述古袖中。紙條上寫著：“脫生光而歸罪(郭)正域?！蓖跏龉耪芙^：“獄情不出囚口，出袖中乎？”

還有人說(shuō)，“妖書”出于武英殿中書舍人趙士楨之手。趙士楨一向慷慨有膽略，“妖書案”發(fā)后，杜門不出。據(jù)說(shuō)，生光凌遲處死后，趙士楨精神錯(cuò)亂，屢次夢(mèng)見(jiàn)生光索命，一病不起。相傳臨死前，他透露了這一秘密。又傳聞，趙士楨臨死時(shí)，“肉碎落如磔”。所謂“肉碎落如磔”云云，當(dāng)然是民間關(guān)于因果報(bào)應(yīng)的街談巷議，姑妄聽(tīng)之。不過(guò)，由此也折射出輿論的導(dǎo)向：生光死得冤枉。但誰(shuí)是妖書真正的作者呢？至今依然是個(gè)千古之謎。