文中又稱，神宗之所以任用朱賡為內(nèi)閣大學(xué)士，是因?yàn)椤百s”與“更”同音，暗含他日變更朱家太子之意，還列舉了依附朱賡的9個文武大臣的名字，稱他們?yōu)椤笆畞y”，聲稱在“十亂”的活動之下，不知什么時候太子就會被廢掉。此外，書中還指責(zé)首輔沈一貫為人“陰賊”，“欲右鄭而左王（指太子朱常洛）”。

一夜之間，《續(xù)憂危議》傳遍京城，上至宮門，下至街巷，到處都有，輿論隨之嘩然。人們看到《續(xù)憂危議》竟指名道姓地議論當(dāng)時朝政中最敏感的話題，個個大驚失色。朱賡一大清早在家門口發(fā)現(xiàn)了“妖書”，一看內(nèi)容，竟是誣陷自己是“動搖國本”、他日更換太子的禍?zhǔn)祝@怒之下立即入宮，將《續(xù)憂危議》進(jìn)呈神宗。此時，提督東廠司禮監(jiān)太監(jiān)陳矩也已經(jīng)將此事報(bào)告神宗。神宗看完《續(xù)憂危議》勃然大怒，命令陳矩“大索，必得造妖書者?！?/p>

東廠、錦衣衛(wèi)為了偵破妖書案，在京城掀起了一場大逮捕，一時間搞得京城內(nèi)外人人自危，先后被捕入獄的有錦衣都督周嘉慶、僧人達(dá)觀、醫(yī)生沈令譽(yù)、四川渠縣訓(xùn)導(dǎo)阮明卿、禮部右侍郎郭正域的仆人毛尚文等。其中周嘉慶和阮明卿等很快被釋放，而其他人則卷入了朝中激烈的派系斗爭。

妖書案發(fā)生之初，首輔沈一貫、次輔朱賡因?yàn)槎急弧独m(xù)憂危議》指名道姓地認(rèn)定是鄭貴妃的幫兇，為避嫌疑，都閉門不出，內(nèi)閣僅剩下沈鯉一人主持日常工作。與沈鯉原本不和的沈一貫當(dāng)然不愿將權(quán)力拱手讓給沈鯉，便想方設(shè)法將沈鯉拖入妖書案中，沈鯉的門生、禮部右侍郎郭正域便成為他的突破口。沈一貫先是指使他的親信、刑科給事中錢夢皋上疏誣陷郭正域、沈鯉與妖書有牽連，要求嚴(yán)查到底。

震怒之中的神宗遂授權(quán)沈一貫徹查此事，并下令郭正域“還籍聽勘”，同時命令“急嚴(yán)訊諸所捕者”。有了明神宗的授權(quán)，沈一貫便放開手腳開始陷害沈鯉和郭正域。京營巡捕陳汝忠受沈一貫之命，先后逮捕了僧人達(dá)觀、醫(yī)生沈令譽(yù)、仆人毛尚文，這些人都與郭正域有某種聯(lián)系，逮捕他們就是想從這些人口中引出郭正域。