國大黨和穆斯林聯(lián)盟對內(nèi)閣使團的方案和臨時政府方案，都不滿意。穆斯林聯(lián)盟表示既不參加臨時政府，也不參加制憲會議，將為建立巴基斯坦而斗爭。從8月份開始，印度許多地區(qū)都發(fā)生兩派教徒之間的仇殺，在加爾各答、孟買、孟加拉、比哈爾省、聯(lián)合省等地，印度教徒和穆斯林相互殘殺，造成大量人員傷亡。

1946年末到1947年初，印度各地不斷爆發(fā)罷工浪潮，教派沖突也不斷發(fā)展，局勢日益嚴(yán)峻，英國政府已無法維持正常的秩序。1947年2月20日，英國首相艾德禮宣布，最遲在1948年6月以前把權(quán)力移交到負(fù)責(zé)的印度人手中。3月22日，蒙巴頓取代魏菲爾擔(dān)任印度總督。面對印度動蕩不安的局勢，蒙巴頓主張將移交權(quán)力的時間提前到1947年8月，并草擬了印、巴分治的方案。英國政府對他提出的方案作了一些修改，在6月3日予以公布。國大黨和穆斯林聯(lián)盟在英國的壓力下，分別接受了“蒙巴頓方案”。

6月底，在蒙巴頓主持下，開始劃分印、巴邊界。孟加拉、旁遮普兩地是既有印度教徒又有穆斯林居住的地方，根據(jù)“蒙巴頓方案”，要在這兩處進行投票表決，以決定是否分治。投票過程中，兩地的印度教徒和穆斯林又展開殘殺，軍隊和英國人都加入了屠殺活動，僅旁遮普就有59萬多人喪生。投票的結(jié)果是孟加拉、旁遮普實施分治，孟加拉西部、旁遮普東部歸印度所有。

1947年8月14日，巴基斯坦自治領(lǐng)成立，伊斯蘭領(lǐng)袖真納擔(dān)任總督；8月15日，印度自治領(lǐng)成立，蒙巴頓留任總督，國大黨領(lǐng)導(dǎo)人尼赫魯擔(dān)任總理（1950年印度共和國成立，1956年巴基斯坦伊斯蘭共和國成立，兩國仍留在英聯(lián)邦內(nèi)）。