早在十八世紀(jì)，動(dòng)物學(xué)家就已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，在動(dòng)物胚胎發(fā)育的過(guò)程中，會(huì)經(jīng)過(guò)一系列與較低等的動(dòng)物很相似的時(shí)期。比如說(shuō)人，在胚胎發(fā)育的早期出現(xiàn)了鰓裂，不僅外形像魚(yú)，而且內(nèi)臟也像魚(yú)：有動(dòng)脈弓，心臟只有兩腔等等。對(duì)這個(gè)現(xiàn)象的唯一合理的解釋，就是人是由魚(yú)進(jìn)化來(lái)的，祖先的特征在胚胎發(fā)育過(guò)程中重演了。事實(shí)上，爬行類、鳥(niǎo)類和哺乳類在胚胎發(fā)育的早期都跟魚(yú)類相似，而且有些時(shí)期幾乎不可能區(qū)別開(kāi)來(lái)，這是所有的脊椎動(dòng)物都有共同祖先的一個(gè)證據(jù)。

自從十六世紀(jì)以來(lái)，隨著西方航海業(yè)的發(fā)達(dá)，特別是美洲和澳洲的發(fā)現(xiàn)，博物學(xué)家們見(jiàn)識(shí)到無(wú)數(shù)新奇的物種。許多的物種，甚至整個(gè)屬、科、目，只在某個(gè)地理區(qū)域被發(fā)現(xiàn)。當(dāng)博物學(xué)家在澳洲和南美見(jiàn)到袋鼠、袋狼、袋熊、袋鼬、袋貂、袋獾等等聞所未聞的動(dòng)物，就不免奇怪為什么上帝只在這里創(chuàng)造出有袋類哺乳動(dòng)物。

這并非那里的環(huán)境是為有袋類而設(shè)的，因?yàn)楫?dāng)移民們給這些地方帶去高等哺乳動(dòng)物后，許多有袋類因?yàn)楦?jìng)爭(zhēng)不過(guò)高等哺乳類而數(shù)量銳減甚至滅絕了。顯然更合理的解釋是，由于這些地區(qū)與別的大陸隔絕，而有了獨(dú)特的進(jìn)化途徑。即使是一個(gè)群島，也往往有在別的地方找不到的特有物種。

做為神學(xué)院的畢業(yè)生的達(dá)爾文最初對(duì)神創(chuàng)論產(chǎn)生了懷疑，就是因?yàn)樵诩永粮袼谷簫u見(jiàn)到了那些島與島之間都不同種的巨龜，見(jiàn)到了在別的地方都找不到的多達(dá)十三種的“達(dá)爾文雀”，而不由得發(fā)生疑問(wèn)：為什么上帝要在這個(gè)小小的角落炫耀他的創(chuàng)造才能，專門為這里創(chuàng)造出如此多的“只此一家，別無(wú)分店”的特有物種？合理的解釋是，這些物種的祖先都是從別的地方來(lái)的，幾萬(wàn)年幾十萬(wàn)年后發(fā)生了變化，從而產(chǎn)生了形形色色的特有物種。