全琫準得知后，曾將該密旨輪示部下，并附上“自大內(nèi)有密教，送召募使李建永到此邊同義。而此說泄于倭，則禍及玉體，慎之，秘密”的一行字。可見全琫準的再起和大院君不無關系。

1894年10月初，全琫準將10萬東學軍集結在全羅道參禮驛，再次起義，史稱“參禮起包”，其后攻克忠清道論山，用諺文傳檄四方。

全琫準在給忠清道監(jiān)司樸齊純的信中寫道：“目今朝廷大臣，妄生茍全之心，上脅君父，下罔黎民，連腸于東夷（指日本），致怨于南民，妄動親兵，欲害先王之赤子，誠何意哉？竟欲何為？今生之所為，固知其極難，然一片丹心，至死不易，掃除天下之為人臣而懷二心者，以謝先王朝五百年遺育之恩。”表達了他驅逐日本侵略者與親日賣國賊的堅定決心。

崔時亨等“北接”勢力迫于形勢，不得不同意聯(lián)合抗戰(zhàn)。各路東學軍陸續(xù)開往論山，與全琫準會合，人數(shù)達20萬之眾。全琫準在大多數(shù)東學道徒和東學軍的支持下，于11月中旬率麾下的20萬大軍北上，在公州與日軍和官兵展開激戰(zhàn)。

由于日軍武器精良，東學軍慘遭失敗。1894年底，三南一帶幾乎全被官兵和日軍所控制。各地兩班、土豪也卷土重來，組織“民包軍”、“守城軍”，協(xié)助官兵與日軍夾擊東學軍。那伙一度參加東學軍的兩班、鄉(xiāng)吏，這時也都紛紛叛變、告密，捕殺東學軍。

全琫準失敗后，毫不動搖。1894年12月，他輾轉至全羅道淳昌郡一帶堅持斗爭，積蓄力量，準備聯(lián)絡金開南等人東山再起。12月28日（陰歷十二月二日），全琫準等人轉移至淳昌橫興山避老里，找到了曾經(jīng)參加過東學軍的金敬天。