全琫準在報恩大會后回到古阜，當時古阜郡一帶適逢歉收，郡守趙秉甲依然巧取豪奪，強征萬石洑水稅，規(guī)定每下一斗種子，好田要交稅二斗糧食，次田交一斗。

農(nóng)民多次要求減免，他非但不允，反而拘捕遞送呈文的農(nóng)民代表，并把這筆共計700石的重稅納入私囊。農(nóng)民們被趙秉甲徹底激怒，他們推全琫準之父全彰赫為首，率40名農(nóng)民到官衙為民陳情，質(zhì)問趙秉甲為何非法征收水稅。

誰知趙秉甲竟誣稱全彰赫等人為“亂民”，并將全彰赫等為首幾人施以杖刑，結果全彰赫被亂杖打死。全琫準在悲傷之余，決心繼承父親的遺志，救民于水火之中。他在1893年12月聯(lián)絡當?shù)厮未蠛偷葨|學道徒密議起兵，計劃攻打古阜直至占領京城，他們的計劃被稱為“沙缽通文”。

1894年2月15日（農(nóng)歷甲午年正月初十），全琫準率領東學道徒與非道徒農(nóng)民數(shù)千人，趁夜攻破古阜郡城三門，襲擊郡衙，奪取武器，占領該城。

郡守趙秉甲倉皇而逃。起義農(nóng)民在全琫準指揮下，燒毀地契、賣身契，懲辦或趕跑殘暴的官吏、地主和土豪，砸開牢門釋放無辜的百姓，打開倉庫把強征去的稅米重新發(fā)還農(nóng)民。全琫準領導農(nóng)民起義達到初步目的后，便解散了。

他將主力轉(zhuǎn)移到離古阜不遠的馬項市場待機，一面觀察政府動向，一面呼吁鄰近地方的東學道接主發(fā)動民眾，舉旗響應。“古阜民亂”標志著甲午農(nóng)民戰(zhàn)爭（東學黨起義）拉開序幕。