明教在宋、元時(shí)期進(jìn)一步和中國(guó)本土文化結(jié)合起來(lái)，成為下層人民和江湖人士對(duì)抗朝廷的斗爭(zhēng)形式，由于明教長(zhǎng)期受到朝廷壓抑，行事極為詭秘，有時(shí)也為江湖“白道”所誤解，比起一般的江湖人士，明教徒面臨著更大的壓力，因此反抗朝廷也更堅(jiān)決，在歷史上幾次掀起大的波瀾。第一次是北宋末年，方臘利用摩尼教組織群眾，舉行了聲勢(shì)浩大的起義，震動(dòng)?xùn)|南半壁河山。第二次是南宋以后，明教和白蓮教相聯(lián)結(jié)，在元末農(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)中充當(dāng)了重要角色。元末農(nóng)民大起義中的紅巾軍，多白蓮教徒，首領(lǐng)韓林兒又稱“小明王”，這個(gè)“明”又與明教有關(guān)。

朱元璋以淮右布衣起事，終于奄有華夏大地，很有一些傳奇色彩。在中國(guó)歷史上，沒(méi)有哪一位皇帝的出身如此卑微，也很少有人以南方的長(zhǎng)江流域?yàn)榛囟罱K統(tǒng)一北方及全國(guó)。當(dāng)察罕帖木兒及其養(yǎng)子擴(kuò)廓帖木兒（王保保）于1359年攻破北方紅巾軍首都開封而逐步肅清北方農(nóng)民軍隊(duì)時(shí)，蒙古朝廷不免洋洋得意，根據(jù)歷史經(jīng)驗(yàn)，還沒(méi)有誰(shuí)從南方起事卻可北伐成功。然而朱元璋做到了，這是前無(wú)古人的巨大成就。

朱元璋建國(guó)號(hào)“明”，這一名稱是個(gè)能引起人們議論興趣的話題，吳晗說(shuō)：“惟明太祖以至正二十七年（公元一三六七）稱吳元年，次年即帝位，始定國(guó)號(hào)曰大明，紀(jì)元洪武。吳非國(guó)號(hào)，亦非年號(hào)。至大明則非初起之地名，亦非所封之爵邑，亦非如后唐后漢之追溯其所始。”（《明教與大明帝國(guó)》）

“明”這一國(guó)號(hào)，體現(xiàn)了這位農(nóng)民皇帝的一些特質(zhì)，因?yàn)榇嗣Q明顯來(lái)源于民間，不管是“明教”，《大小明王出世經(jīng)》或是其他。朱元璋稱帝后，采納李善長(zhǎng)的建議，下詔嚴(yán)禁白蓮社、明教，并把取締“左道邪術(shù)”寫進(jìn)《明律》十一《禮律》，用法律形式固定下來(lái)。其后，白蓮教以各種支派的形式變換名目繼續(xù)得到發(fā)展，如永樂(lè)年間有唐賽兒起義，清朝中后期的白蓮教起義等；明教卻逐漸衰落了。