明教的來源在金庸的武俠小說《倚天屠龍記》中曾有明確記載：明教源出波斯，本名摩尼教。于唐武后延載元年（694年（甲午年））傳入中土。

《倚天屠龍記》中描述如下情節(jié)：源于波斯國，唐時傳至中土。當時稱為祆教。唐皇在各處敕建大云光明寺，為明教的寺院。只因歷朝貪官污吏欺壓我教，教中兄弟不忿，往往起事，自北宋方臘方教主以來，已算不清有多少次。

元末時期，武林六大門派圍攻明教圣壇駐地——光明頂，意圖殲滅明教，但后來張無忌解除明教危機，并當上教主。后來張無忌隱居大漠，傳位于楊逍。小說中認為明太祖朱元璋出身此教，明朝國號即源于此秘事。而朱元璋建立明朝后，為加強專制，取締明教。

那么，歷史上真實的明教是什么樣的？明朝真的從明教而來嗎？

明教的創(chuàng)教者摩尼生于公元216年，242年在巴比倫傳教，277年被釘死在十字架。他的目標是要建立一個世界性的宗教，超越一切的宗教傳統(tǒng)。摩尼聲稱自己是佛祖、瑣羅亞斯德和耶穌的繼承者，也是最后一位先知。摩尼說：“智慧和神跡不斷的被神的使者傳給人類。因此曾經使者是來自印度的佛祖，在另一個時代則是來自波斯的瑣羅亞斯德；再一個時代則是以色列拿撒勒的耶穌。

啟示再次降臨，在這個最后時代的預言則通過我，摩尼，來自巴比倫的真主的使者。”摩尼教受到瑣羅亞斯德教和基督教、佛教的影響，其教義在諾斯底主義的影響下主張靈魂從肉體上徹底解脫，因而強調禁欲、食素。同時也包括了佛教的轉世說和敘利亞的天使說。另外則反對猶太教，把猶太教視為黑暗神的創(chuàng)造物。