事后，有人將逃走消息并臨行言語報與始皇。始皇聞知，拍案大怒，道：“我平日收召許多文學(xué)方術(shù)之士，希望可以致太平，求長生，誰知韓終一去不回，徐福等費(fèi)錢無數(shù)，并未得有奇藥，且聞有受賄舞弊情事。至如盧生諸人，我對之尤加禮貌，優(yōu)給賞賜。如此厚待，竟敢出言誹謗！必須拿獲，處以重刑，方泄我忿！”于是，通令各地，嚴(yán)密查捕。各地官吏奉命，四出訪拿，竟未尋獲。

始皇心中痛盧生諸人，偏偏被他逃脫，無處泄忿。忽想起二人本是儒生，遂遷怒到一班儒生身上。說道：“諸生在咸陽地方，我曾使人察訪，往往造作妖言，迷惑黔首。若不盡法懲治，何以儆戒將來？”便下詔，命御史將在京儒生一律傳到，逐人究問，有無造言惑眾？一班儒生中有平日喜發(fā)議論者，便坐以誹謗之罪。輾轉(zhuǎn)牽引，連累之人，不計其數(shù)。御史將案情供詞復(fù)奏，始皇自行按名定罪，共有四百六十余人定了死罪，一律正法咸陽市上。

始皇長子扶蘇，居心倒還仁厚。每遇始皇殘暴行為，常行諫阻。今見始皇欲殺儒生多人，因進(jìn)言道：“現(xiàn)在天下初定，遠(yuǎn)方人民尚未歸心，一班儒生都是誦法孔教，若加以嚴(yán)法，恐致天下不安！”始皇正在盛怒，不但不聽，反厭扶蘇多言。命其前往上郡，為蒙恬監(jiān)軍去了。

始皇怒猶未息，因見此次所殺儒生，僅限咸陽一地。想：“此等人各處多有，平日最喜搖唇鼓舌，譏刺時政。如今聞我殺死多人，正是兔死狐悲，物傷其類。諸人心中必然不服，不如趁此一律剿除。但若通令各地方官究治，恐天下騷動，或生變亂。且風(fēng)聲一露，狡猾者先期逃避，反多漏網(wǎng)。惟有用利祿誘之使來，然后不動聲色，一網(wǎng)打盡。”始皇想定主意，托詞招致賢才，命各郡縣征集儒生，限期送京，聽候錄用。此詔一下，遂有許多貪圖富貴之人如蟻慕膻，如蛾投火，紛紛來京。