另外一次是禪宗向天臺(tái)山逐步滲透而最終導(dǎo)致國(guó)清寺易主事件的發(fā)生，禪宗向天臺(tái)山的滲透大約始于唐中葉，他們一步步將天臺(tái)宗勢(shì)力擠出天臺(tái)山，最后天臺(tái)祖庭國(guó)清寺為宋代禪僧真歇清了入主，天臺(tái)宗的法脈終于在國(guó)清寺中斷了。

更為嚴(yán)重的是建炎四年（1130年）宋高宗趙構(gòu)正式下詔，命令國(guó)清寺“易教（指天臺(tái)宗）為禪”。后來(lái)雖然有性澄湛堂說(shuō)服元世祖，曾經(jīng)恢復(fù)過(guò)國(guó)清寺天臺(tái)祖庭的名義，但卻是短暫的，明太祖上臺(tái)后再次下詔要求禪僧曇噩住持國(guó)清寺，國(guó)清寺重新成為禪院。這樁“易教為禪”的公案一直延續(xù)到近代，1931年才由天臺(tái)宗后起高僧諦閑將它徹底翻了過(guò)來(lái)。