國清寺的第一任住持是何許人也？他便是國清寺的建造者灌頂，灌頂（561—632年），字法云，名非凡，俗姓吳，原籍常州義興（今江蘇宜興），祖上因避亂遷往臨?？h章安鎮(zhèn)（今浙江省椒江市），人稱“章安大師”，是天臺宗五祖、國清寺開創(chuàng)者。他7歲入附近攝靜寺，拜慧拯為師。20歲時，只身來到天臺山跟隨智學(xué)習(xí)佛法。585年，灌頂隨同智前往金陵講學(xué)。

595年，灌頂和智同返天臺山。智圓寂后，灌頂整理大師的遺書和遺物，并去會稽嘉祥寺講《法華經(jīng)》，了卻大師生前未了之愿。601年正月，灌頂與師弟普明周去揚州謁見晉王楊廣，獻上智的遺書、遺物和《凈名義疏》。楊廣特意派遣司馬王弘送他們回山，設(shè)千僧齋，并根據(jù)智的遺志，在五峰山麓建國清寺，由灌頂任第一任住持，灌頂晚年為天臺宗的確立和發(fā)展做出了貢獻。632年8月7日，灌頂圓寂于國清寺，終年72歲。

國清寺建成后到現(xiàn)在的一千多年的時間內(nèi)經(jīng)歷了幾次大的劫難，其中最嚴重的有兩次。一次是842年，唐武宗頒發(fā)了一系列禁佛毀寺的敕令，全國共拆寺四千余所，還俗僧尼二十六萬余人。這一事件，即歷史學(xué)家所稱的“會昌法難”。滅佛之風(fēng)鋪天蓋地而來，即便是國清寺這樣一座著名的大剎，亦難逃劫難，它在845年被強行拆毀。

劫難給國清寺帶來的創(chuàng)傷是深重的，以至數(shù)年后唐文宗下令重修被毀佛寺后，國清寺仍遲遲未能恢復(fù)舊觀。853年9月，日本天臺宗五祖圓珍求法巡禮于天臺山，但見國清寺一派蕭瑟。當(dāng)然，國清寺畢竟是海內(nèi)名剎，僧俗都很關(guān)心，并全力協(xié)助完成了浩大的修復(fù)工程。重修后的寺額“大中國清之寺”出自著名書家柳公權(quán)之手。至今在國清寺旁，尚有一方柳公權(quán)手跡“大中國清之寺”摩崖留存世上。