1790年12月，漢密爾頓向國會提出建立國家銀行的報(bào)告后，杰斐遜成了反對以漢密爾頓為首的聯(lián)邦黨人的主要領(lǐng)袖。銀行法案不但提出了財(cái)政問題，而且也涉及對憲法的解釋問題。華盛頓曾就該法案是否合乎憲法征求內(nèi)閣成員的意見。杰斐遜主張從嚴(yán)解釋憲法，在他看來，設(shè)立國家銀行是超越憲法范圍的。

憲法明確規(guī)定了聯(lián)邦政府的所有權(quán)力，而把其他權(quán)力保留給各州，所以聯(lián)邦政府沒有權(quán)力設(shè)立國家銀行。杰斐遜關(guān)于從嚴(yán)解釋憲法條文的闡述為各州有權(quán)解釋憲法奠定了基礎(chǔ)。而漢密爾頓則認(rèn)為，創(chuàng)建銀行盡管不是憲法所列舉的國會權(quán)力，但它是從憲法所授予的“必要和適當(dāng)”的其他權(quán)力的條款中引申出來的，國家銀行對征稅、貿(mào)易、提供公共防備經(jīng)費(fèi)都是必要的，而這些權(quán)力都屬于憲法的列舉權(quán)力。

由于漢密爾頓的觀點(diǎn)更具說服力，華盛頓最終聽從了他的意見，簽署了該法案。漢密爾頓對聯(lián)邦憲法的從寬解釋，為日后最高法院首席法官約翰·馬歇爾的“默許權(quán)力論”解釋提供了先例。

在對外政策上，尤其是在對待法國革命的態(tài)度上，兩人同樣存在分歧。1793年，隨著法國革命的深入，美國國內(nèi)在對待法國大革命的問題上分成了兩派：以工商業(yè)為主的社會上層仇視法國革命，下層人民則同情法國革命。公眾的態(tài)度反映到政府內(nèi)部，以杰斐遜為代表的一派同情法國革命，主張繼續(xù)維持與法國的同盟關(guān)系，而不管法國內(nèi)部的變化如何。

當(dāng)英國和歐洲其他君主制國家紛紛對法蘭西共和國宣戰(zhàn)時(shí)，杰斐遜認(rèn)為美國應(yīng)遵循兩國在1778年獨(dú)立戰(zhàn)爭時(shí)達(dá)成的協(xié)議，給法國以一定的援助。而以漢密爾頓為代表的一派則對法國革命持?jǐn)骋晳B(tài)度，漢密爾頓認(rèn)為，美國應(yīng)該置身事外，利用這個(gè)機(jī)會廢除同法國的聯(lián)盟關(guān)系。這場爭論最后以華盛頓所作出的中立決定而告終。