1784年，杰斐遜被任命為全權(quán)公使，負責(zé)與歐洲各國進行簽訂商務(wù)條約的談判，之后又被任命為駐法公使。直至1789年法國大革命爆發(fā)后，他才回到了闊別5年的美國，他一上岸就得知，根據(jù)新憲法當(dāng)選為美國總統(tǒng)的華盛頓已任命他為首屆政府的國務(wù)卿。當(dāng)杰斐遜到達當(dāng)時的首都紐約時，新政府已工作了近一年。在進入內(nèi)閣開始工作后，他很快發(fā)現(xiàn)，在執(zhí)政思想和方針政策上，自己與當(dāng)時的財政部長漢密爾頓之間有著極大的意見分歧。

當(dāng)然，開始時他們也有過短暫的合作。美國建國初期，國債高達7000多萬美元，巨大的債務(wù)成為政府正常運轉(zhuǎn)的主要障礙。漢密爾頓認為，要建立一個統(tǒng)一而不分裂的國家，美國政府就必須獲得人民的信任和支持，為此他提出要全體人民納稅和由全體人民負責(zé)各州在獨立戰(zhàn)爭期間所積累起來的債務(wù)；先由聯(lián)邦政府收回各州在戰(zhàn)時欠下的債務(wù)，再由政府以長期公債的形式分期償還。當(dāng)時已發(fā)行的國債券的實際價值，由于政府長期拖欠，已經(jīng)大幅度貶值。

于是有些人主張按貶值后的債券價值償還，這樣就能大幅減輕政府償還債務(wù)的負擔(dān)。但是，漢密爾頓認為，國債是政府和個人之間的契約，對于一個國家來說，建立良好的公共信用是最根本的，所以必須按票面價值還債。杰斐遜對漢密爾頓的這一政策并不十分支持。他認為漢密爾頓堅持按票面價值償還戰(zhàn)時發(fā)行的公債，并由聯(lián)邦政府承擔(dān)各州公債償還的做法，其實是把負擔(dān)轉(zhuǎn)嫁到了窮人的頭上。

因為原來民眾中的很多公債持有人，后來為生活所迫，大都以低于票面價值的錢出賣了這些公債，這些人將因此蒙受重大損失。而且，在聯(lián)邦政府成立時，有些州（如弗吉尼亞）已經(jīng)把本州的公債還得差不多了，而有的州根本沒有發(fā)行過公債。由聯(lián)邦政府負責(zé)償還州債的做法，只能使公債較少或無公債的州吃虧。盡管對這一議案有所不滿，但由于財政問題有可能造成各州各行其是的危險，所以杰斐遜最終還是幫助漢密爾頓使國會通過了這一方案。