早在擔任弗吉尼亞殖民地下議院議員時，他所提交的第一份議案就是有關當時頗具爭議的奴隸制的。杰斐遜從“天賦人權”角度出發(fā)，認為所有的人都應擁有自由的權利，雖然弗吉尼亞的經(jīng)濟需要仰仗奴隸的勞動才能發(fā)展，要徹底廢除奴隸制不太現(xiàn)實，但至少可以減少奴隸的數(shù)量，通過釋放部分奴隸、給予他們有限的權利、將他們送回非洲大陸并在那里幫助他們建立一個新的國家等方式，達到逐漸減少進而解放所有奴隸的目的。

在奴隸制問題上，杰斐遜一直主張長期緩慢地解放黑奴，他之所以主張緩慢解決，是因為他認為：“自然、習慣和見解在他們之間（指黑人與白人之間）劃上了一條不可逾越的鴻溝?！^程應該緩慢，以便使這個罪惡不知不覺地消亡，……假如相反地用強力手段推行的話，人性會對于出現(xiàn)的前景感到吃驚的。”即他擔心采取激烈的方式立即解放黑奴會引起社會的動蕩。當然，他的這一議案在下議院遭到了一致的批評，他本人也被別人稱為“國家公敵”。

《獨立宣言》發(fā)表后不久，杰斐遜就放棄了其在大陸會議的代表資格，回到了弗吉尼亞。他的這一決定，一方面是出于對家庭的考慮，但更主要的還是他認為，新建立的各州才是美國社會的真正組成部分，參加弗吉尼亞新政府的工作要比在大陸會議重要得多。

在州議會中，杰斐遜對立法提出了一系列有建設性的建議，諸如擴大選舉權和增加民選代表，修正遺產(chǎn)繼承制度，制定更加合理和人道的刑事司法法規(guī)，推廣州教育等。由于思想的超前性，他的上述提案中有很多都被議會否決了。在這一時期，杰斐遜最具成就感的一項工作就是他為弗吉尼亞起草的《宗教自由法規(guī)》。