早在擔(dān)任弗吉尼亞殖民地下議院議員時(shí)，他所提交的第一份議案就是有關(guān)當(dāng)時(shí)頗具爭議的奴隸制的。杰斐遜從“天賦人權(quán)”角度出發(fā)，認(rèn)為所有的人都應(yīng)擁有自由的權(quán)利，雖然弗吉尼亞的經(jīng)濟(jì)需要仰仗奴隸的勞動(dòng)才能發(fā)展，要徹底廢除奴隸制不太現(xiàn)實(shí)，但至少可以減少奴隸的數(shù)量，通過釋放部分奴隸、給予他們有限的權(quán)利、將他們送回非洲大陸并在那里幫助他們建立一個(gè)新的國家等方式，達(dá)到逐漸減少進(jìn)而解放所有奴隸的目的。

在奴隸制問題上，杰斐遜一直主張長期緩慢地解放黑奴，他之所以主張緩慢解決，是因?yàn)樗J(rèn)為：“自然、習(xí)慣和見解在他們之間（指黑人與白人之間）劃上了一條不可逾越的鴻溝?！^程應(yīng)該緩慢，以便使這個(gè)罪惡不知不覺地消亡，……假如相反地用強(qiáng)力手段推行的話，人性會(huì)對(duì)于出現(xiàn)的前景感到吃驚的。”即他擔(dān)心采取激烈的方式立即解放黑奴會(huì)引起社會(huì)的動(dòng)蕩。當(dāng)然，他的這一議案在下議院遭到了一致的批評(píng)，他本人也被別人稱為“國家公敵”。

《獨(dú)立宣言》發(fā)表后不久，杰斐遜就放棄了其在大陸會(huì)議的代表資格，回到了弗吉尼亞。他的這一決定，一方面是出于對(duì)家庭的考慮，但更主要的還是他認(rèn)為，新建立的各州才是美國社會(huì)的真正組成部分，參加弗吉尼亞新政府的工作要比在大陸會(huì)議重要得多。

在州議會(huì)中，杰斐遜對(duì)立法提出了一系列有建設(shè)性的建議，諸如擴(kuò)大選舉權(quán)和增加民選代表，修正遺產(chǎn)繼承制度，制定更加合理和人道的刑事司法法規(guī)，推廣州教育等。由于思想的超前性，他的上述提案中有很多都被議會(huì)否決了。在這一時(shí)期，杰斐遜最具成就感的一項(xiàng)工作就是他為弗吉尼亞起草的《宗教自由法規(guī)》。