此后十幾年中，蘇格蘭王太后瑪麗·德·吉斯憑借一支法國軍隊(duì)的援助統(tǒng)治著蘇格蘭，如同法國的一個(gè)行省。蘇格蘭的天主教徒擁護(hù)法國的統(tǒng)治，新教徒則逐漸采取親英的立場--英格蘭的新教如何有利于貴族階層，許多蘇格蘭貴族都有機(jī)會(huì)觀察過，于是他們紛紛加入新教。

1559年

1559年蘇格蘭爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)，翌年信奉新教的蘇格蘭貴族借助英國陸海軍的幫助，把法國軍隊(duì)趕了出去，并把新教定為蘇格蘭國教。

法王弗朗索瓦在1560年去世，守寡的瑪麗女王（就是上文那位5歲被送往法國的瑪麗·斯圖亞特）隨后返回蘇格蘭，并與表弟亨利·斯圖亞特結(jié)婚，在1566年生下了繼承人詹姆斯六世。然而她第二年就因被懷疑與情夫一道謀殺自己的丈夫而遭廢黜，被迫逃亡到英格蘭，把自己的獨(dú)生子留給了一群蘇格蘭新教貴族。

英國女王伊麗莎白一世是瑪麗的表姑，她懼怕瑪麗在天主教徒中的號(hào)召力，以及繼承英格蘭王位的資格（按照羅馬天主教會(huì)的規(guī)定，亨利八世離婚后和第二個(gè)妻子所生的伊麗莎白是私生女），把瑪麗囚禁了18年之久，最終以"叛國罪"將其處決。

1603年伊麗莎白女王去世，都鐸王朝傳下來的直系血胤至此終結(jié)。由于亨利八世處決了大量有王族血統(tǒng)的貴族，因此當(dāng)時(shí)只剩下兩個(gè)合法的男性王位繼承人，一個(gè)是蘇格蘭國王詹姆斯六世，他的母親是英王亨利七世長女瑪格麗特與詹姆斯四世的孫女；另一個(gè)是赫特福德伯爵的兒子愛德華·西摩，他的母親是亨利七世幼女瑪麗與薩?？斯舻耐鈱O女。