公元4、5世紀(jì)，蠻族入侵歐洲，馬耳他一度落入汪達(dá)爾人和東哥特人手中，直到公元533年才重新由東羅馬帝國取得統(tǒng)治權(quán)。

公元9世紀(jì)起，馬耳他相繼被拜占庭帝國、阿拉伯帝國、諾曼人統(tǒng)治。

公元11世紀(jì)時(shí)，一群來自諾曼第的傭兵進(jìn)入南意大利，并試圖建立一個(gè)新的王國，馬耳他的阿拉伯人因此同意向傭兵統(tǒng)領(lǐng)羅杰伯爵（Roger de Hauteville）上繳稅貢，其子羅杰二世繼承父志，于1127年將馬耳他納入版圖，這是馬耳他再次天主教化的開端。自從羅杰二世在島上建立天主教自治區(qū)之后，馬耳他的命運(yùn)便與西西里島結(jié)合在了一起。1192年，西西里海軍將領(lǐng)馬加里托因俘獲神圣羅馬帝國皇后康斯坦絲等戰(zhàn)功而被國王坦克雷德封為首任馬耳他伯爵。

1523年，“圣約翰騎士團(tuán)”由羅德島移居至此，并獲神圣羅馬帝國皇帝查理五世的承認(rèn)。“圣約翰騎士團(tuán)”后更名“馬耳他騎士團(tuán)”。1565年的馬耳他大圍攻中，騎士團(tuán)擊敗奧斯曼帝國軍隊(duì)，此戰(zhàn)是馬耳他史上最重大事件，因成功阻止奧斯曼帝國向西歐擴(kuò)張。

1798年，拿破侖率遠(yuǎn)征埃及的土倫艦隊(duì)在馬耳他靠岸，破壞了馬耳他信守中立的原則，并誘使大統(tǒng)領(lǐng)拒絕他登陸，遂以此為藉口驅(qū)逐騎士團(tuán)，強(qiáng)占馬耳他。

1800年，英國應(yīng)馬耳他人民的請求，繼法國之后進(jìn)駐該地。

1815年的《巴黎條約》，將馬耳他劃歸英國所有，從此馬耳他成為大英帝國通往印度的地中海要塞。