1038年，安條克再次爆發(fā)軍隊(duì)暴動(dòng)，暴動(dòng)被米哈伊爾和約翰的另一個(gè)兄弟君士坦丁鎮(zhèn)壓后，約翰在1040年開始清洗君士坦丁堡和安納托利亞可能的反對(duì)勢(shì)力，但卻無力對(duì)付已經(jīng)公然反叛的塞奧多西阿波利斯總督。

1041年，病重的米哈伊爾四世親自帶著包括瓦拉幾亞衛(wèi)隊(duì)在內(nèi)的四萬精兵進(jìn)入巴爾干，依靠兵力優(yōu)勢(shì)大敗叛軍并俘虜了亂黨首領(lǐng)。但此時(shí)的米哈伊爾四世已經(jīng)病入膏肓。1041年12月，他死于惡化的癲癇并發(fā)癥。彌留之際，他拒絕了佐伊見他最后一面的要求。

在1041年12月米哈伊爾四世亡故后，他的侄子米哈伊爾即位，稱米哈伊爾五世。和他的叔叔不同的是，米哈伊爾五世上位后打算立即釋放之前被懷疑和逮捕的貴族和將軍，為了掃除可能阻止他的障礙，他將大伯約翰送進(jìn)了修道院，并釋放了包括喬治·曼尼亞克斯在內(nèi)的諸多貴族和將軍。

君士坦丁九世上位后，清理了二米哈伊爾的黨羽，但位當(dāng)年，他也罷免了在意大利與諾曼人對(duì)峙的喬治·曼尼亞克斯。

立下大功卻被數(shù)次罷免的曼尼亞克斯大怒，于九月自立為帝，并率領(lǐng)包括瓦拉幾亞衛(wèi)隊(duì)在內(nèi)的精銳部隊(duì)部隊(duì)登陸巴爾干，逼近薩羅尼卡。在薩羅尼卡附近的一場(chǎng)野外決戰(zhàn)中，已占上風(fēng)的曼尼亞克斯意外陣亡。而這次叛亂也就此結(jié)束。

君士坦丁九世和情婦的關(guān)系在君士坦丁堡也早已近人皆知，城內(nèi)流傳著君士坦丁九世將謀害佐伊和狄奧多拉的傳言。1044年，君士坦丁堡再次發(fā)生騷亂，幾乎殺死君士坦丁九世，但被出現(xiàn)在陽臺(tái)的佐伊和狄奧多拉平息。