一個月后，清帝退位、孫中山辭職，首都問題再次成為南北方爭論的焦點。孫中山不再堅持首都設(shè)在武昌，而堅定地支持首都設(shè)在南京的主張。其目的在于將袁世凱調(diào)出封建專制勢力強大的老巢北京，在南京可以將其控制在革命力量的監(jiān)督和掌握之下。1912 年2 月13日孫中山向臨時參議院提出辭職咨文，但附有三個條件。

原來，正當孫中山擔任臨時大總統(tǒng)之際，從天津小站訓練新軍起家的袁世凱己實際上控制了清王朝的軍政大權(quán)。孫中山表示，只要袁世凱擁護共和，迫使清帝退位，結(jié)束南北對峙的局面，他自己愿意讓出總統(tǒng)之位，請袁世凱出任臨時大總統(tǒng)。

孫中山向袁世凱提出的三個條件，其中兩條與定都南京有關(guān)：一是臨時政府定都于南京，二是新總統(tǒng)必須到南京就職。這就是“臨時政府設(shè)于南京，這是各省代表會所議定，不能更改”，并強調(diào)“新總統(tǒng)親到南京受任之時，大總統(tǒng)及國務(wù)各員乃行辭職……”

孫中山提出這些條件，其目的是把袁世凱置于南方革命派的監(jiān)控之下，確?！杜R時約法》的實現(xiàn)。

老奸巨滑的袁世凱一眼就看穿了孫中山的意圖，豈肯乖乖就范?同時，袁世凱的下屬北方軍人集團也不愿意把中國的政治中心南移到南京。這便是當年孫中山一再要求袁世凱南下就職，而袁世凱堅決推諉、拒絕的根本原因。

袁世凱不僅不愿接受首都設(shè)在南京的決議，而且以種種卑劣的手段加以抵制。早在2 月11 日，袁世凱在致南京臨時政府的電報中，就一再表示“不能南下”。2 月15 日，袁世凱即致電孫中山表示難以接受南下的要求，竟以“退歸田園”這一以退為進的方法要挾。2 月21 日，臨時政府派出蔡元培、汪精衛(wèi)、魏宸組、宋教仁等為代表的迎袁南下就職專使團赴北京。