1912年1月19日，民國元年，他頒布了《普通教育暫行辦法》，并主持制定了《大學令》和《中學令》，這是中國的第一個大學和中學校令，他強調(diào)要把中學和大學建造成健全國民的學校。

任南京臨時政府教育總長，主張采用西方教育制度，廢止祀孔讀經(jīng)，實行男女同校等改革措施，確立起中國資產(chǎn)階級民主教育體制。二次革命失敗后，攜眷赴法，與李石曾等創(chuàng)辦留法勤工儉學會。

1912年2月，魯迅被他邀請到教育部任職。1912年7月，蔡元培因不愿與袁世凱政府合作而辭職。1913年，民國二年蔡元培46歲時，再次赴法國從事學術研究，在留歐的三年時間里，又編撰了不少哲學美學著作。

1915年6月，民國四年，蔡元培48歲時，他與李石曾、吳玉章等發(fā)起組織華法教育會，在法國倡勤勤工儉學，希望以次組織幫助更多華人到歐洲求學，后來的周恩來、鄧小平等均是通過這個組織的幫助后順利在法國進行學習的。

1916年夏，黎元洪的北京政府終于明令恢復了民國初年的《臨時約法》，孫中山、黃興等一大批流亡海外的革命黨人紛紛相約回國，一些浙江籍議員還發(fā)電給遠在法國的蔡元培，說是要推選他當浙江省督軍。

四、北大校長

1916年11月8日，蔡元培與吳玉章一起乘船由馬賽回國，抵達上海。1916年12月26日，受命擔任北京大學校長。支持新文化運動，提倡學術研究，主張“思想自由，兼容并包”，實行教授治校。

“五四”運動中支持學生愛國行動，多方營救被捕學生。1917年1月9日，蔡元培發(fā)表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置于首位。