1918年5月22日，蔡元培為“中日防敵軍事協(xié)定”反對(duì)政府變相賣國(guó)，又向大總統(tǒng)提出辭呈。

1918年11月16日，民國(guó)七年蔡元培51歲時(shí)，“一戰(zhàn)”剛結(jié)束，在天安門前組織集會(huì)慶祝，發(fā)表題為《勞工神圣》的演講，鮮明提出要“認(rèn)識(shí)勞工的價(jià)值”，并喊出了“勞工神圣”的口號(hào)。

1919年，蔡元培在北京大學(xué)廢除科，改原隸屬于科的學(xué)門為系，設(shè)立14個(gè)系，廢學(xué)長(zhǎng)，設(shè)系主任。原來(lái)的文、理、法三科分別改稱第一、二、三院，僅作為各系所在地區(qū)的標(biāo)志（因原來(lái)三科分布在不同地區(qū)），不代表一級(jí)機(jī)構(gòu)。

五、五四運(yùn)動(dòng)

1919年5月8日，五四運(yùn)動(dòng)爆發(fā)后，蔡元培為抗議政府逮捕學(xué)生，于5月8日提交了辭呈。并于9日離京。1919年5月13日，北京各大專學(xué)校校長(zhǎng)向政府齊上辭呈，支持蔡元培。

1919年6月15日，在他發(fā)布的《不愿再任北京大學(xué)校長(zhǎng)的宣言》中說(shuō)：“我絕對(duì)不能再作不自由的大學(xué)校長(zhǎng)：思想自由，是世界大學(xué)的通例。后由于北大師生極力挽留，蔡元培答應(yīng)只做北大師生的校長(zhǎng)。

1920年初，蔡元培與李石曾、吳敬恒，利用庚子賠款，創(chuàng)辦中法大學(xué)于北京。蔡元培任校長(zhǎng)。1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽(tīng)，當(dāng)年秋季起即正式招收女生，開(kāi)中國(guó)公立大學(xué)招收女生之先例。

1920年5月，蔡元培聘任地質(zhì)學(xué)家李四光出任北京大學(xué)地質(zhì)系教授，邀著名作家莎菲回國(guó)任北京大學(xué)文學(xué)教授，8月，聘魯迅為北京大學(xué)講師。1920年年底，被北京大學(xué)派遣去歐洲考察。與法國(guó)里昂市長(zhǎng)赫禮歐（Herriot），里昂大學(xué)醫(yī)學(xué)院院長(zhǎng)雷賓（Lepine）等，合作設(shè)立里昂中法大學(xué)協(xié)會(huì)，決定在里昂成立中法大學(xué)。