二、創(chuàng)立光復(fù)會

1902年，蔡元培35歲時，同蔣智由等在上海創(chuàng)辦中國教育會并任會長，創(chuàng)立愛國學(xué)社、愛國女學(xué)，均曾被推為總理。1903年，癸卯二十九年，愛國學(xué)社的活動引起清政府的警覺，下令偵訊。蔡元培輾轉(zhuǎn)青島、日本、紹興、上海等地，一方面學(xué)習(xí)德語，準(zhǔn)備赴德留學(xué)以躲避風(fēng)頭，一方面仍從事教育和革命活動。

1903年，蔡元培為抗拒俄國政府覬覦中國北方領(lǐng)土，與上海反清革命志士以對俄同志會的名義辦了《俄事警聞》（后改《警鐘日報(bào)》）。1904年，甲辰三十年37歲時，他在上海組織建立了光復(fù)會。

1905年，乙巳三十一年38歲時，同盟會成立，光復(fù)會并入，孫中山委任蔡元培為同盟會上海分會負(fù)責(zé)人。

1907年5月，丁未三十三年40歲時，他在駐德公使孫寶琦的幫助下前往德國柏林，入萊比錫大學(xué)聽課和研究心理學(xué)、美學(xué)、哲學(xué)諸學(xué)科。一面學(xué)習(xí)，一面教授唐紹儀（后任民國政府第一任內(nèi)閣總理）4個侄子的中文教師，已近不惑之年的蔡元培開始了4年海外留學(xué)的生活。在德4年，他編著了《中國倫理學(xué)史》等一批學(xué)術(shù)書籍。

三、民國時期

1911年11月上旬，宣統(tǒng)三年辛亥年，辛亥革命爆發(fā)，在陳其美去電催促下，蔡元培取道西伯利亞回國。

1912年1月4日，民國元年，中華民國臨時政府在南京成立，他就任南京臨時政府教育總長。教育部在蔡元培之下對公眾征求可能的國歌，后來頒布了中華民國臨時國歌，由沈恩孚作詞、沈彭年譜曲的國歌擬稿，歌名《五旗共和歌》（中華民國國歌）。