1917年，蔡元培聘請《新青年》主編陳獨秀為文科學長，并聘請李大釗、胡適、錢玄同等“新派”人物在北大任教，采用“思想自由，兼容并包”的辦學方針，實行“教授治校”的制度，提倡學術民主，支持新文化運動。

同年，蔡元培邀請著名哲學家梁漱溟到北京大學講授印度哲學；徐悲鴻應蔡元培之邀從日本東京返北京，任北京大學畫法研究會導師。

1917年7月，胡適從美國學成回國，其時胡適并未獲得哥倫比亞大學博士學位，但蔡元培為了讓胡適進入北大不惜幫其偽造學歷。

1917年7月3日，蔡元培在北大發(fā)表熱情洋溢的就職演說的余熱未散，就向黎元洪總統(tǒng)提出辭職了，措辭委婉，但動因沉郁，那就是抗議張勛復辟。

1917年10月，民國六年，蔡元培50歲時，主持教育部召開北京各高等學校代表會議，討論修改大學規(guī)程，北京大學文科提出廢年級制，采用選科制的議案，會議議決通過，決定在北大試行。

北大選科制規(guī)定每周一課時，學完一年為一個單位，本科應修滿80個單位，一半必修，一半選修（理科酌量減少），修滿即可畢業(yè)，不拘年限；預科應修滿40個單位，必修占四分之三，選修占四分之一。選修科目可以跨系。

1918年，他更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養(yǎng)成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養(yǎng)成學問家之人格。”