部尚書劉東星親自接他去山東寫作；歷史學(xué)家焦竑替他主持新書發(fā)布會(huì)；文壇巨子袁氏三兄弟跑到龍湖陪他一住三個(gè)月；意大利傳教士利馬竇和他進(jìn)行了三次友好的宗教交流；全國各大城市輪流邀請他去做訪問學(xué)者。

李贄一開壇講學(xué)，不管哪座寺廟，還是深山老林，和尚、樵夫、農(nóng)民、甚至連女子也勇敢地推開羞答答的閨門，幾乎滿城空巷，都跑來聽李贄講課。一下子，李贄成了橫掃儒、釋、民的學(xué)術(shù)明星。

這對傳統(tǒng)思想造成了強(qiáng)烈的沖擊，被當(dāng)?shù)氐谋Ｊ貏萘σ暈椤爱惗恕薄ⅰ靶罢f”，群起圍攻，要把他驅(qū)逐出境。

李贄旗幟鮮明宣稱自己的著作是“離經(jīng)叛道之作”，表示：“我可殺不可去，頭可斷面身不可辱”，毫不畏縮。

萬歷二十五年（1597年），李贄應(yīng)巡撫梅國楨之請往山西大同，著《孫子參同》，修訂《藏書》。秋，到北京，住在西山極樂寺，撰成《凈土訣》，次年春天到南京，將自己的零星著作匯成《老人行》，并再度研究《易》，撰寫《易因》，最后編訂其巨著《藏書》。

《藏書》共68卷，系紀(jì)傳體史論，論述戰(zhàn)國至元亡時(shí)歷史人物約800人，對歷史人物作出了不與傳統(tǒng)見解茍合的評價(jià)，旨在反對儒學(xué)。如他贊揚(yáng)秦始皇是“千古一帝”，武則天是“政由己出，明察善斷”的“圣后”。

萬歷二十八年（1600年），在山東濟(jì)寧編成《陽明先生道學(xué)抄》、《陽明先生年譜》。