其后，為全軍先導，經河西安全撤軍，跳出反包圍圈，奪岳陽，占武漢，自武昌東下金陵，二十八天挺進一千八百里，戰(zhàn)無不勝，攻無不克，令清軍聞風喪膽，號之曰“石敢當”。

1853年3月，太平天國定都金陵，改號天京，石達開留京輔佐東王楊秀清處理政務。定都之后，諸王享樂主義抬頭，廣選美女，為修王府而毀民宅，據國庫財富為己有，唯石達開潔身自好，從不參與。

1853年秋，石達開奉命出鎮(zhèn)安慶，節(jié)制西征，他打破太平天國以往重視攻占城池、輕視根據地建設的傳統(tǒng)，采取穩(wěn)扎穩(wěn)打的策略，逐步擴大根據地范圍，親自指揮攻克清安徽臨時省會廬州（今合肥），迫使名將江忠源自盡。

由于之前太平天國沒有基層政府，地方行政一片空白，石達開到安徽后，組織各地人民登記戶口，選舉基層官吏，又開科舉試，招攬人才，建立起省、郡、縣三級地方行政體系，使太平天國真正具備了國家的規(guī)模。

與此同時，整肅軍紀，恢復治安，賑濟貧困，慰問疾苦，使士農工商各安其業(yè)，并制定稅法，征收稅賦，為太平天國的政治、軍事活動提供所需物資。

1854年初，石達開離開安徽，回京述職，太平天國領導層對他的實踐給予充分肯定，從此放棄了絕對平均主義的空想，全面推行符合實情的經濟政策。

1854年夏秋，太平軍在西征戰(zhàn)場遭遇湘軍的兇狠反撲，節(jié)節(jié)敗退，失地千里。石達開看出兩軍最大差距在于水師，便命人仿照湘軍的船式造艦，加緊操練水師。