1947年，“于子三案”發(fā)生，而圍繞所謂“于子三系自殺”的定讞，竺可楨與國(guó)民黨當(dāng)局幾成決裂之勢(shì)。而圍繞安葬和紀(jì)念于子三，竺可楨亦與“學(xué)運(yùn)”方面發(fā)生摩擦，幾乎受到“葛杯”。

1948年被選為中央研究院院士。1949年4月下旬婉拒教育部長(zhǎng)杭立武電催赴滬去臺(tái)，只身赴滬暫居。7月應(yīng)邀至北平參加全國(guó)自然科學(xué)工作者代表會(huì)議籌備會(huì)、全國(guó)教育工作者代表會(huì)議籌備會(huì)。8月先后參加人民政協(xié)籌備會(huì)議及中國(guó)人民政治協(xié)商會(huì)議第一屆全體會(huì)議。

在討論制訂《共同綱領(lǐng)》過(guò)程中，提出專列發(fā)展自然科學(xué)一條的建議，被采納。10月1日參加中華人民共和國(guó)成立大典。被任命為中國(guó)科學(xué)院副院長(zhǎng)，主要分管自然科學(xué)研究方面的組織領(lǐng)導(dǎo)工作。

根據(jù)國(guó)家關(guān)于科學(xué)研究工作的方針，竺可楨廣泛征求意見(jiàn)，制定調(diào)整、建立研究機(jī)構(gòu)的原則，并組織實(shí)施；選聘研究人才，組織與高等院校的合作，大力開展科學(xué)研究工作。

中華人民共和國(guó)成立以后，竺可楨一直擔(dān)任中國(guó)地理學(xué)會(huì)理事長(zhǎng)，親自主持籌建中國(guó)科學(xué)院地理研究所。

四、晚年生活

1949年11月，新中國(guó)成立后僅1個(gè)月，中國(guó)科學(xué)院即宣告成立。中國(guó)科學(xué)院成立以后，竺可楨被任命為副院長(zhǎng)、生物學(xué)地學(xué)部主任，主要負(fù)責(zé)地學(xué)、生物學(xué)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)組織與領(lǐng)導(dǎo)工作。

1950年，當(dāng)選為中華全國(guó)自然科學(xué)專門學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)全國(guó)委員會(huì)委員、中華全國(guó)科學(xué)技術(shù)普及協(xié)會(huì)副主席。