自此至1936年4月，全力創(chuàng)建北極閣氣象臺的地面和高空觀測、天氣預報和氣象廣播等業(yè)務，推動全國氣象臺站建設，培訓氣象人才，帶頭開拓氣象研究，8年中發(fā)表論著約50篇。并自1929年起屢次被選任為中國氣象學會會長。

1933年參加第五屆泛太平洋科學會議中國代表團做首席代表，1934年與翁文灝等發(fā)起成立中國地理學會，1935年派人設立拉薩測候所，被選為中央研究院評議員。

1936年任浙江大學校長（兼氣象研究所所長）?？箲?zhàn)爆發(fā)，敵焰迫近杭州時率校西遷江西泰和。西遷中，電告教育部并建議將存浙文瀾閣四庫全書內遷。獲同意，由浙江大學協(xié)助運存貴陽。

1938年，敵騎入贛，率校再遷廣西宜山，倡立“求是”校訓。1939年冬，敵騎犯桂，12月率校遷黔北。

1940年初定居遵義、湄潭，直至1946年夏復員返杭。正當竺可楨忙于勘察第三次遷校新址時，他的次子竺衡和夫人張俠魂相繼病逝，竺可楨在這突來的打擊下，以極大堅毅忍住精神創(chuàng)痛，順利完成了遷校任務。

至此6年中，竺可楨銳意發(fā)展浙江大學，開展科學研究，提高學術與教學水平，擴充院系，設分校，培植良好學風，使浙江大學聲譽大增。

1940年3月15日，竺可楨與陳汲在重慶舉行婚禮。

1940年12月14日，陳汲生一女孩，小名毛毛，大名竺松。

1946年，組織浙江大學遷回杭州，增設醫(yī)學院。他本人被選為國際氣象學會氣候學委員，作為中國代表團成員之一出席聯(lián)合國教科文組織成立大會。