后世對明孝宗朱佑樘的評價都是極好，萬歷年首輔朱國楨說：“三代以下，稱賢主者，漢文帝、宋仁宗與我明之孝宗皇帝。”當年明月說：“朱祐樘是一個好皇帝，也是一個好人。”

在多用史筆貶低明朝皇帝的《明史》中也很是稱贊朱佑樘：“明有天下，傳世十六，太祖、成祖而外，可稱者仁宗、宣宗、孝宗而已。……孝宗獨能恭儉有制，勤政愛民，兢兢于保泰持盈之道，用使朝序清寧，民物康阜?！兑住吩唬?ldquo;無平不陂，無往不復，艱貞無咎。”知此道者，其惟孝宗乎！”