從司禮監(jiān)的題本中可知，朱厚熜后來下了道圣旨：“這群逆婢，并曹氏、王氏合謀弒于臥所，兇惡悖亂，罪及當(dāng)死，你們既已打問明白，不分首從，都依律凌遲處死。其族屬，如參與其中，逐一查出，著錦衣衛(wèi)拿送法司，依律處決，沒收其財產(chǎn)，收入國庫。陳芙蓉雖系逆婢，阻攔免究。欽此欽遵。”

邢部等衙門領(lǐng)了皇命，就趕緊去執(zhí)行了。有個回奏記錄了后來的回執(zhí)情況：“臣等奉了圣旨，隨即會同錦衣衛(wèi)掌衛(wèi)事、左都督陳寅等，捆綁案犯赴市曹，依律將其一一凌遲處死，尸梟首示眾，并將黃花繩黃綾抹布封收官庫。然后繼續(xù)捉拿各犯親屬，到時均依法處決。”圣旨中提到了曹氏、王氏，曹氏、王氏是誰呢？據(jù)人考證，她們是寧嬪王氏和端妃曹氏，因此，有人根據(jù)這道圣旨得出結(jié)論，是曹氏、王氏指使發(fā)動了這場宮廷政變。

然而有人則認(rèn)為不然，認(rèn)為如果主謀是曹氏和王氏，那么史料上應(yīng)該記載寧嬪王氏和端妃曹氏的情況，而在以上所述的行刑過程當(dāng)中，卻從未見到過對曹氏和王氏的處置的描述，因此主謀是誰尚不能斷定。

“深閨燕閑，不過銜昭陽日影之怨”，是明末歷史家談遷對此案的看法，但事實究竟如何，無人知曉，因此此事又成為一樁宮闈之謎。