當時鳩摩羅什所在的長安和慧遠所在的廬山是最有影響的兩大佛教中心，慧遠不僅向他致書通好，交流佛教譯本，并派遣弟子前往聽講問道。后來聽說羅什要回本國，他馬上作書，詳細詢問佛經(jīng)中數(shù)十條疑問，請鳩摩羅什批釋。羅什一一作答，現(xiàn)存十八章。綜觀慧遠的學識，佛教徒稱佛學是內(nèi)學，把儒、玄叫做外道。

慧遠不僅精研佛學，而且兼通經(jīng)學和玄學，一身兼儒、佛、玄三家。他認為儒、佛、玄三家作為統(tǒng)治思想來講，立場基本上是一致的，所以主張“內(nèi)佛外儒，可合而明”，認為以佛學為主，以儒玄為輔，達到合而為一的目的。慧遠還極力倡導“彌陀凈土法門”，并創(chuàng)設蓮社，并最終形成了凈土宗，因此被后世凈土宗僧人推尊為初祖，東林寺也成為我國佛教凈土宗的發(fā)源地。

慧遠弟子甚眾，且多為佛門龍象，為佛教的廣泛傳布和發(fā)展做出功德事業(yè)?；圻h不僅利用他的聲望扶植、資助師兄弟和門人弟子在廬山興建數(shù)以十計的寺院，還結(jié)交名士、達官顯要，甚至是農(nóng)民起義軍的領袖人物，利用這些人的權(quán)勢、聲望等為其佛教事業(yè)服務，取得了極大的成功。416年，慧遠卒于廬山東林寺，享年83歲。著名詩人謝靈運曾為他寫了一篇碑文《遠法師誄》。南齊僧人道慧讀了慧遠的文集，慨然嘆息，恨自己生之晚也，未能親見慧遠。為了實現(xiàn)夙愿，他和另一個僧人智順溯流千里，到廬山觀看慧遠的遺跡，在那里流連了三載才回去。