不論他們的生活多么艱苦，博物院工作人員始終團結一致，一心保護這批國寶。不管個人的政治信仰如何，他們始終比肩抗日。但對共同的敵人作戰(zhàn)幾乎剛剛停止，蔣介石又挑起內戰(zhàn)，共產(chǎn)黨在中國各地軍事上占上風，又取得人民的支持，博物院的職員也不例外。

1948年徐州會戰(zhàn)后，南京受到威脅，蔣介石計劃在臺灣建立最后立足點，于1948年11月決定將故宮國寶和南京中央博物院、國立中央圖書館、中央研究院的藏品及外交部部分重要檔案也合并一起運往臺灣。但當時可以運送這些珍貴古物的只有兩艘軍艦和一艘商輪，只能運送其中一部分，無法全部運走。不得不作進一步的決定。

1933年，他們從北平運出19557箱，這時只選出2972箱，大部分是清宮收藏的精華，包括歷代名畫及書法、清宮全部藏書和最精美的宋瓷?？倲?shù)約只是故宮國寶的六分之一。其余的不得不留在南京（其中大部分現(xiàn)在北京故宮博物院）。

到達臺灣后，古物最初貯存在臺灣中部工業(yè)中心臺中市的糖廠倉庫里。但這些倉庫也不是儲放國寶的理想地方，于是在50年代初，這批珍藏又遷移到附近一個名叫北溝的小山村。在北溝存放了差不多15年，直到1965年11月在臺北市郊的孫中山先生紀念堂及故宮博物院新址建成并宣布開幕。

現(xiàn)今臺北故宮博物院已成為亞洲著名展覽館之一。中國藝術文物藏品共有60余萬件，其中書畫5749件，善本書150688冊，其中有歷代重要刻本、佛經(jīng)、藏文喇嘛經(jīng)和滿蒙文史籍等。