元代時(shí)，中國和菲律賓的貿(mào)易進(jìn)一步擴(kuò)大。元代汪大淵所寫的《島夷志略》一書中，講述了“麻逸”、“蘇祿”等地的風(fēng)土人情。還記載了當(dāng)時(shí)的菲律賓社會流行訪問中國的社會風(fēng)氣：“男子常附舶至泉州經(jīng)紀(jì)，罄其資囊，以文其身，既歸其國，則國人以尊長之禮待之，延之上坐，雖父老亦不得與爭焉，習(xí)俗以其至唐，故貴之也。”這有點(diǎn)像改革開放初期的中國大陸，當(dāng)時(shí)只要操著港臺口音，就可以混吃混喝，如果周圍某人有海外親戚，更是高人一等。

到了明代，中菲兩國不僅經(jīng)濟(jì)上交往密切，而且政治上的關(guān)系也是大為進(jìn)步。當(dāng)時(shí)的菲律賓群島上與中國建立政治和貿(mào)易關(guān)系的國家，有呂宋、蜂牙施蘭、蘇祿。根據(jù)明代《順風(fēng)相送》一書，當(dāng)時(shí)的中菲之間的貿(mào)易通過下列幾條重要航線：有從金門島的太武出發(fā)，經(jīng)臺灣最南端的沙馬畸頭，到呂宋島的馬尼拉；有從泉州先到日本平戶島，再南下呂宋、巴拉望到文萊。

每年約有三十到四十多條船從馬尼拉開往中國。當(dāng)時(shí)從中國輸入到菲律賓的商品有耕畜、耕具、鐵器、火藥、青銅、瓷器、綢緞藍(lán)布等。從菲律賓輸入到中國的商品有黃蠟、珍珠、玳瑁、黃金、檳榔、棉花、木棉、棉布、竹布、椰子等。從上面的兩國貿(mào)易種類看出，雙方的互補(bǔ)性還是很強(qiáng)，對兩國來講，這都是有利雙方的貿(mào)易關(guān)系。

明朝永樂年間，鄭和下西洋時(shí)，曾經(jīng)三次派遣艦隊(duì)訪問菲律賓。永樂十五年，也就是公元1417年，蘇祿島上的東王、西王、峒王，各自帶著家眷隨員共三百四十人訪問中國。東王在回國途中生病去世于山東德州，永樂皇帝命令葬以王禮，并親自撰寫祭文，樹碑墓道。明末顧炎武在《過蘇祿國王墓》詩里有“世有國人供灑掃，每勤詞客駐輪蹄”句，以托哀思。