隨后英格蘭經(jīng)過了一段時(shí)期的混亂，蘇格蘭長老會(huì)教派慢慢崛起，成為英格蘭清教徒的主要對(duì)手。1648年8月，經(jīng)過三天三夜的大戰(zhàn)之后，克倫威爾取得了普雷斯頓盆地戰(zhàn)役的勝利，宣告第二次內(nèi)戰(zhàn)結(jié)束。他還占領(lǐng)了愛丁堡。與此同時(shí)，克倫威爾的士兵厭倦了無聊的宗教討論，也不愿把時(shí)間浪費(fèi)在這件事上，于是，他們決定根據(jù)自己的意愿采取行動(dòng)。

他們把所有不同意清教徒觀點(diǎn)的議員都趕出國會(huì)，留下來的舊國會(huì)議員組成了“尾閭”議會(huì)，他們以叛國罪對(duì)國王進(jìn)行起訴。上議院不愿擔(dān)任審判員，于是清教徒們臨時(shí)組建了一個(gè)特別審判團(tuán)，判處國王死刑。1649年1月30日，查理一世從白廳的一扇窗戶走出，平靜地邁上了斷頭臺(tái)。那一天，通過選舉出的代表，人民第一次把一位沒能認(rèn)清自己在這個(gè)現(xiàn)代國家中地位的統(tǒng)治者推上了斷頭臺(tái)。

查理死后的那段時(shí)期，通常被稱為克倫威爾時(shí)期。一開始，克倫威爾只是英格蘭名義上的獨(dú)裁者。1653年，他正式被選為護(hù)國主。在他統(tǒng)治英格蘭的5年時(shí)間里，他繼續(xù)推行伊麗莎白的政策。于是，西班牙再一次成為英格蘭的勁敵，而是否與西班牙人開戰(zhàn)則變成一個(gè)全國性的嚴(yán)肅議題。