再加上波旁家族的其他分支的力量，使波旁家族主導(dǎo)了法國政壇，與以天主教狂熱份子為主的吉斯家族出現(xiàn)了紛爭。

導(dǎo)致亨利無可避免地被卷入了殘酷的法國宗教戰(zhàn)爭。為求自保，亨利數(shù)次改信天主教，但私底下依舊保持自己對胡格諾派的忠誠。

宗教戰(zhàn)爭不但使大量法國平民傷亡，也間接導(dǎo)致了瓦盧瓦-昂古萊姆家族的人丁凋零。昂古萊姆王朝的第二代王亨利二世的三個(gè)兒子都成為了法國國王，而當(dāng)中弗朗索瓦二世和查理九世皆在青年早逝。他們的弟弟亨利三世繼承了王位，而他們最小的弟弟，阿朗松公爵弗朗索瓦成為王儲。

1584年，弗朗索瓦王儲死去，法國王位只可傳予波旁家族，亨利·德·波旁成為法國王位的合法繼承人，并被軟禁在法國宮廷里，接受王家的庇護(hù)。

亨利·德·波旁具有的胡格諾派背景，導(dǎo)致很多法國天主教的不滿，令他的入主法國之路充滿危機(jī)。而另一方面在血緣上，波旁家族的另一個(gè)分支，布賽特分支（Bourbon-Busset）與亨利所屬的拉馬爾什-旺多姆分支相比，更親近于當(dāng)權(quán)的瓦盧瓦-昂古萊姆家族。只是布賽特分支的祖先，因婚姻未獲法王路易十一的欽準(zhǔn)，而被取消王位繼承資格。

但最終亨利·德·波旁在1589年，亨利三世遇刺身亡后，順利即位為法國國王，即亨利四世。而納瓦拉王國亦同時(shí)并入法國，納瓦拉國王也成為以后歷任法王眾多頭銜的其中一個(gè)。