由于朝圣者無私的付出讓醫(yī)院修會迅速發(fā)展，從1110年起修會同意將分散耶路撒冷的領(lǐng)土的財產(chǎn)，可以交給醫(yī)院騎士團(tuán)。

1113年，教廷承認(rèn)他們是獨立的修會，并賜予他們一系列的經(jīng)濟(jì)、政治特權(quán)，如無需繳納十一稅，無需接受任何政權(quán)的領(lǐng)導(dǎo)，只受教皇節(jié)制。

醫(yī)院騎士團(tuán)的會規(guī)以奧思定會的會規(guī)為基礎(chǔ)制定。騎士團(tuán)的成員分為教士、騎士和士官，以及會友或受贈者。騎士團(tuán)由一位大團(tuán)長（Grand Master）統(tǒng)治，并有教士會議和八位法官協(xié)助。其組織和圣殿騎士團(tuán)十分相似，但對于慈善事業(yè)上表現(xiàn)更為顯著。

耶路撒冷圣約翰醫(yī)院騎士團(tuán)成立時只是一個行善的組織，從1120年才開始作為一個軍事修會進(jìn)行活動，以武力保護(hù)朝圣者免受異教徒攻擊，并發(fā)展成為耶路撒冷王國的一支重要軍事力量，對耶路撒冷的政局也有很大的影響力。

它在耶路撒冷王國擁有7座大的要塞，140多座其它建筑。耶路撒冷王國國王鮑德溫四世去世后，當(dāng)時醫(yī)院騎士團(tuán)的大團(tuán)長Roger de Moulins反對居伊（Guido von Lusignan）繼任，可惜沒有成功。

后來在1187年哈丁之戰(zhàn)中，醫(yī)院騎士團(tuán)也派出主力參戰(zhàn)，由于指揮上的失誤，包括醫(yī)院騎士團(tuán)、圣殿騎士團(tuán)在內(nèi)的基督教軍隊幾乎全軍覆沒，醫(yī)院騎士團(tuán)大團(tuán)長Roger de Moulins戰(zhàn)死。

二、守衛(wèi)羅得島

由于巴勒斯坦的基督教王國被阿拉伯人擊敗，1291年，騎士團(tuán)放棄了巴勒斯坦，前往塞浦路斯，在那兒沒待多久，1309年又撤到羅得島。在羅得島，騎士團(tuán)用海軍阻止了穆斯林向東地中海地區(qū)的擴(kuò)張。