正中是一座主要的圓塔，圓塔的頂端是整座建筑的最高處，離地35米。婆羅浮屠每一邊的中間都有入口，總共有32只石獅子看守著四個入口，每個入口都有臺階通向塔頂。佛塔的主入口在東邊，浮雕上的故事從這里開始。山坡上有臺階通往山下的平地。

佛塔的三個部分代表著通往佛教大千世界的三個修煉境界，即:欲界(Kamadhatu)、色界(Rupadhatu)和無色界(Arupadhatu)。塔基代表欲界，五層的塔身代表色界，而三層圓形的塔頂和主圓塔代表無色界。色界的細(xì)致裝飾的方形在無色界演化為毫無裝飾的圓形，象征著人們從拘泥于色和相的色界過渡到無色界。

1885年人們在塔基的下面發(fā)現(xiàn)了一個隱藏的部分。這部分隱藏的塔基里刻有浮雕，其中的160幅描繪了真實的欲界?，F(xiàn)存的浮雕上有簡短的銘文，似乎是給雕刻師的指示和描繪要雕刻的場景。人們起初認(rèn)為隱藏的塔基是為了防止山體下沉。另一種理論根據(jù)印度古代一本關(guān)于建筑和城市規(guī)劃的著作Vastu Shastra認(rèn)為，隱藏的塔基由于設(shè)計錯誤被上層的塔基代替。

婆羅浮屠有大約兩千六百七十塊浮雕，其中一千四百六十塊敘事浮雕、一千兩百一十二塊裝飾浮雕，覆蓋了建筑的立面和回廊。浮雕的總面積達(dá)兩千五百平方米，分布于隱藏的塔基和塔身。 敘事浮雕被分為十一組，環(huán)繞整座建筑，總長三公里。第一組浮雕在隱藏的塔基中，其余十組從婆羅浮屠東門開始分布于塔身的下面四層。墻上的敘事浮雕順時針分布，而回廊上的反方向分布。這種分布方式符合佛教徒朝拜圣跡時的右旋禮:信徒順時針繞行，而圣跡常在右側(cè)。

隱藏的塔基里的浮雕敘述了佛教的因果報應(yīng)律。塔身第一層墻上的浮雕分上下兩欄，每欄各一百二十塊石板。上欄敘述了佛陀的生平，下欄和塔身第一、二層的回廊一起敘述了佛陀的前生(本生)。其余的浮雕敘述了善財五十三參修成正果的故事。