婆羅浮屠和其它同類的建筑有很大的差異。它被建于一座山上，而不是平地。不過建筑工藝和爪哇的其它廟宇相似。由于它的實心結(jié)構(gòu)和類似金字塔的造型，人們起初認為婆羅浮屠是一座舍利塔(梵文stupa，或譯窣堵坡)，而不是廟宇。舍利塔的目的是供奉佛陀，有時也僅僅是一種虔誠的標志。而廟宇則是在房屋中供奉佛陀，并且給信徒參觀朝拜。

然而從婆羅浮屠的精心設(shè)計和建造來看，它事實上是一座廟宇。婆羅浮屠的臺階和走廊引導(dǎo)信徒們拾級而上，直至頂層。婆羅浮屠的每一層都代表著修煉的一個境界。信徒們的朝拜路線裝飾著象征佛教 大千世界的各種圖案。

爪哇的民間傳說認為Gunadharma是婆羅浮屠的建筑師。人們對他所知甚少。他在建造過程采用的基本長度單位稱為tala，是人臉上從前額發(fā)際到下頜底部的距離，或者是盡量伸展拇指和中指時兩個指尖的距離。顯然這樣的長度單位因人而異，但佛塔的度量十分精確。

1977年的一次統(tǒng)計發(fā)現(xiàn)佛塔各部分經(jīng)常形成4:6:9的比例。隨后人們在附近的佛教廟宇Pawon 和Mendhut發(fā)現(xiàn)了同樣的比例。考古學(xué)家猜想這一比例具有歷法、天文和宇宙觀的意義，就像柬埔寨的吳哥窟。

從垂直方向上我們可以將主要建筑分為塔基、塔身和塔頂三個部分。塔基是一個邊長為123米的正方形，高4米。塔身由五層逐漸縮小的正方形構(gòu)成。第一層距塔基的邊緣7米，然后每層以2米的差距縮小，留下狹長的走廊。塔頂由三層圓形構(gòu)成，每一層上建有一圈多孔的舍利塔，三層的舍利塔形成三個同心圓。