蓮花是佛教藝術(shù)中隨處可見的形象，經(jīng)常作為佛陀的寶座和舍利塔的塔基。婆羅浮屠整座建筑似乎呈現(xiàn)一朵蓮花的形象，其中的佛像似乎代表著大乘佛教中的《妙法蓮華經(jīng)》。塔頂?shù)娜龑訄A臺似乎象征著蓮花瓣。然而很多考古學(xué)家認(rèn)為建筑周圍的自然環(huán)境表明這里不存在湖泊。

另一方面地質(zhì)學(xué)家根據(jù)發(fā)現(xiàn)的粘土沉積物認(rèn)為Nieuwenkamp的觀點可能成立。2000年一項地層學(xué)、沉積物和花粉樣本的研究表明婆羅浮屠附近曾經(jīng)有過湖泊，然而湖泊的面積時時不同。另一項研究證實，在公元13世紀(jì)和14世紀(jì)之間，婆羅浮屠應(yīng)該在湖泊的岸邊。印度尼西亞最活躍的火山之一默拉皮就在婆羅浮屠的附近，它從更新世以來就一直噴發(fā)著火山灰。火山和河流塑造了婆羅浮屠周圍的環(huán)境，也影響了湖泊的充盈和干涸。

婆羅浮屠是作為一整座大佛塔建造的，從上往下看它就像佛教金剛乘中的一座曼荼羅，同時代表著佛教的大千世界和心靈深處。塔基是一個正方形，邊長大約118米。這座塔共九層，下面的六層是正方形，上面三層是圓形。頂層的中心是一座圓形佛塔，被七十二座鐘形舍利塔團(tuán)團(tuán)包圍。每座舍利塔裝飾著許多孔，里面端坐著佛陀的雕像。

佛塔的建筑材料是取自附近河流的約5萬5千立方米石料。這些石料被切成合適的大小，由人工運至建筑地點。石塊之間用榫卯連接。建筑完工之后工匠們在石塊上刻下浮雕。佛塔建有良好的排水系統(tǒng)，以適應(yīng)當(dāng)?shù)氐谋┯辍榉婪e水，每個角上都有裝飾著滴水嘴獸的排水孔，整座佛塔共有100個這樣的排水孔。