1929年國(guó)民黨政府一度擬決議取消中醫(yī)，中醫(yī)生存發(fā)發(fā)可危。施今墨遂聯(lián)合同業(yè)，成立中醫(yī)工會(huì)，組織華北中醫(yī)請(qǐng)?jiān)笀F(tuán)，數(shù)次赴南京請(qǐng)?jiān)福郧罅ν炜駷憽?/p>

此時(shí)正值汪精衛(wèi)主持行政院，其岳母適患痢疾，遍請(qǐng)西醫(yī)未見奏效，危在旦夕。無(wú)奈之下，根據(jù)他人建議，汪精衛(wèi)就請(qǐng)施令墨試診。施今墨憑脈診斷病情，每言必中，令汪精衛(wèi)岳母心悅誠(chéng)服。后為她開據(jù)處方，并囑“安心服藥，一診可愈，不必復(fù)診。”后據(jù)此處方僅服藥數(shù)劑，病即痊愈。

汪精衛(wèi)由此信服了中醫(yī)之神驗(yàn)。并給施今墨題“美意延年”字匾相送。由此也撤消了取消中醫(yī)的議案，并批準(zhǔn)在南京設(shè)立了中央國(guó)立中醫(yī)館，任命施今墨為副館長(zhǎng)。

1930年楊虎城將軍患病西安，施今墨又出診千里，藥到病除，載譽(yù)而歸。從此其名聲更加大震。1935年，國(guó)民黨政府頒布了中醫(yī)條例，規(guī)定對(duì)所有中醫(yī)實(shí)行考核立案。

于是在北京進(jìn)行第一次中醫(yī)考核時(shí)，當(dāng)局挑選了醫(yī)術(shù)精湛、頗負(fù)盛名的施今墨、汪松春、肖龍友、孔伯華四人作為主考官，負(fù)責(zé)試題命題與閱卷。從此他們四人即有了“中國(guó)四大名醫(yī)”之譽(yù)稱。

施今墨對(duì)中醫(yī)理論有很深的造詣，他認(rèn)為，辯證施治，是中醫(yī)特長(zhǎng)。但傳統(tǒng)理論中的八綱辯證并不完善，氣血是人體的基礎(chǔ)，氣血辯證應(yīng)補(bǔ)充到八綱辯證之中。提出了“陰陽(yáng)應(yīng)為總綱，表里、虛實(shí)、寒熱、氣血為余辯證時(shí)之八綱?！庇芍畬?duì)中醫(yī)基本理論有了創(chuàng)新性的發(fā)展。

他還把兵法用于醫(yī)療實(shí)踐，指出，“臨床如臨陣，用藥如用兵，必須明辨癥候，詳慎組方，靈活用藥。”并創(chuàng)立了治療外感熱性病的“七清三解、五清五解、三清七解（即清理與解表藥味之比例為7：3、5：5、3：7）諸法。