進入仕途后，蕭龍友仍然繼續(xù)研修醫(yī)學，并在公務之余以醫(yī)濟世，免費為患者看病，收效良好。這時他雖是業(yè)余行醫(yī)，求診者已接踵而來。

1928年，蕭龍友棄官行醫(yī)，在北京西城兵馬胡同建了一寓所，開始了正式的醫(yī)生生涯。1955年選聘為中國科學院院士（學部委員）。