東漢末年軍閥混戰(zhàn)，興平2年（公元195年），孫策部將朱治攻占吳郡，入城領(lǐng)太守事，自此吳地一直屬三國(guó)孫吳政權(quán)。領(lǐng)縣十五，吳縣為首邑。孫皓寶鼎元年（公元266年），從吳郡中劃出陽(yáng)羨、余杭等五縣與丹陽(yáng)郡的數(shù)縣另置吳興郡（今浙江湖州）。

隋朝的蘇州

隋朝建立后，變州、郡、縣三級(jí)制為州、縣兩級(jí)。開皇9年（公元589年）滅陳后廢吳郡建置，以城西有姑蘇山之故，易吳州為蘇州，這是蘇州得名之始。下轄吳、昆山、常熟、烏程、長(zhǎng)城縣（長(zhǎng)興縣）。11年（公元591年），因反叛騷亂頻繁，危及蘇城安全，故楊素于蘇城西南橫山（七子山）與黃山之間另筑城廓，州、縣治悉移新廓，至今該處地名仍稱新郭。大業(yè)元年（公元605年），復(fù)蘇州為吳州，3年（公元607年）又改州縣制為郡縣制，吳州復(fù)稱吳郡。

宋元明清時(shí)期的蘇州

宋太祖開寶8年（公元975年），吳越王錢弘俶改中吳軍為平江軍，隸江南道。太平興國(guó)3年（公元978年）吳越納土歸宋，恢復(fù)蘇州建置，轉(zhuǎn)屬兩浙路轉(zhuǎn)運(yùn)使。政和3年（公元1113年）敕升蘇州為平江府，屬江南道浙西路，于是蘇州又有平江之稱。宣和5年（公元1123年）置浙西提舉司，建炎4年（公元1130年）置浙西提點(diǎn)刑獄司，治所均在平江城。

元代始行行省制。至元12年（公元1275年）設(shè)江淮行省，置浙西路軍民宣撫司，次年即改宣撫司為平江路，屬江淮行省。18年（公元1281年）升平江路為達(dá)魯花赤（蒙語長(zhǎng)官之意）總管府。至元28年（1291年）劃江而治，江南設(shè)江浙等處行中書省，蘇州屬之。元貞元年（1295年）升昆山、常熟、吳江、嘉定四縣為州。元末至正16年（公元1356年）張士誠(chéng)入據(jù)平江，建大周政權(quán)，一度改稱隆平府，次年張士誠(chéng)接受元朝封冊(cè)，復(fù)改為平江路。