建文二年（1400年）二月二十八日，李景隆給朱棣寫(xiě)信，請(qǐng)求暫時(shí)停戰(zhàn)。燕王回信索要齊泰、黃子澄等。一說(shuō)李景隆自此有二心。除了使南軍白跑了一個(gè)月外，燕軍在本次伐大同時(shí)意外遇到了從蒙古來(lái)降的軍隊(duì)，收編之。此外，保定府于建文二年（1400年）二月降燕。

燕軍南下

建文三年（1401年）冬，朱棣決定直接率兵南下，臨江一決。道衍亦支持不再與盛庸、平安等糾纏，直趨京師。十二月初二日，燕師復(fù)出。十二月十二，到達(dá)蠡縣（約在保定以南50公里）。建文四年（1402年）正月，先后擊敗德州的一支分隊(duì)和平安的部隊(duì)，于是燕軍南下（路線(xiàn)大致位于現(xiàn)京九鐵路和京廣鐵路之間）至館陶渡河（進(jìn)山東），并長(zhǎng)驅(qū)直入。正月十二日，燕軍在館陶渡河；正月十四日，燕軍攻陷東阿；正月十五日，再攻陷東平；正月十七日，陷汶上；正月二十七日，陷沛縣（進(jìn)江蘇）；正月三十日，燕軍先頭部隊(duì)到達(dá)徐州。

建文帝見(jiàn)燕軍再次出動(dòng)，建文三年（1401年）十二月令駙馬都尉梅殷（建文帝的姑父，顧命大臣）任總兵官，鎮(zhèn)守淮安。建文四年（1402年）正月初一，建文帝將遷往蒙化的朱橚（廢周王）召回南京。命魏國(guó)公徐輝祖率兵援山東。

建文四年（1402年）二月初一，南軍將領(lǐng)何福、平安、陳暉進(jìn)兵濟(jì)寧，盛庸進(jìn)兵淮上。朱棣派兵襲擊南軍餉道后，二月二十一日，燕軍擊敗徐州的出戰(zhàn)軍隊(duì)，徐州自此閉城死守。