戰(zhàn)爭雖結(jié)束，與此相關的歷史卻在發(fā)展。燕王進京后，宮中起火，建文帝下落不明。有的說建文帝于宮中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落發(fā)為僧，云游天下，傳說他于正統(tǒng)朝入居宮中，壽年而終；又有一說建文帝逃至東南亞，鄭和下西洋的其中一個目的就是尋找建文帝。建文帝的真正下落已不可確考，成為明史上的一大懸案。

靖難之役的歷史影響

宗室待遇變化

朱棣稱帝后，建文四年（1402年）六月十八日，恢復了周王朱橚、齊王朱榑的爵位。隨后恢復代王朱桂、岷王朱楩的爵位。永樂元年（1403年）正月，明成祖令周、齊、代、岷四王歸藩。六月二十六日，成祖取消建文帝之父朱標的興宗廟號，重新稱懿文太子；七月十二日，成祖將朱允炆的三個弟弟由親王降為郡王；十一月將朱標之子朱允熥、朱允熞廢為庶人，囚禁在老家鳳陽。

強化集權(quán)統(tǒng)治

為了更有效率地處理國務，建文四年（1402年）八月初一，朱棣令解縉、黃淮入直文淵閣，預機務。隨后擴充內(nèi)閣至七人。從此內(nèi)閣開始在明朝政治中發(fā)揮越來越重要的作用 ，甚至清朝仍沿用此制度。

另一方面，由于朱棣是造反稱帝的，對大臣有所猜忌，故恢復了洪武年間廢除的錦衣衛(wèi)，重新開始實施明朝的特務統(tǒng)治。隨后，永樂十八年（1420年），朱棣又設立了東廠，令親信太監(jiān)掌權(quán)，加強特務統(tǒng)治的同時提高了宦官的地位。有明一代，特務統(tǒng)治幾乎貫穿始終，成為一大特點。