朱允炆即位，是為明惠帝，改元建文。盡管有朱元璋的遺詔，不許諸王“入臨、會葬”，但燕王朱棣仍直奔京城建康（今江蘇南京），朱允炆聞訊后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京（今北京），對此朱棣十分不悅。

削藩王

建文帝與兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄商量。齊泰、黃子澄以諸王權勢過大，恐難駕馭為由，力主削藩。在削藩順序上，齊泰認為應先削實力最強的燕王。但黃子澄反對，認為燕王有功無過，為了爭取輿論支持，應該先找有問題的親王下手。建文帝支持黃子澄，遂先后廢除五位親王。

洪武三十一年（1398年）七月，建文帝削周王朱橚。因周王朱橚是燕王同母兄弟，而朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，于是決定先廢周王。時周王次子朱有爋告發(fā)父親謀反，于是派曹國公李景隆以備邊之名經(jīng)過開封，將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往云南蒙化（今昆明以西、大理以南）。

建文元年（1399年）四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王朱柏不堪受辱，為保名節(jié)舉家自焚；齊王朱榑被軟禁在南京；代王朱桂被軟禁在封地大同。兩個月后，明廷削岷王朱楩，廢為庶人，徙漳州。

由于朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。