明崇禎元年（1628年），徐光啟官?gòu)?fù)原職，此時(shí)農(nóng)書(shū)完成初稿，但由于忙于負(fù)責(zé)修訂歷書(shū)，無(wú)暇顧及，直到死于任上。便由他的門(mén)人陳子龍等人負(fù)責(zé)修訂，于崇禎十二年（1639年），亦即徐光啟死后的6年，刻板付印，并定名為《農(nóng)政全書(shū)》。全書(shū)分為12目，共60卷，50余萬(wàn)字。12目中包括：農(nóng)本3卷，田制2卷，農(nóng)事6卷，水利9卷，農(nóng)器4卷，樹(shù)藝6卷，蠶桑4卷，蠶桑廣類2卷，種植4卷，牧養(yǎng)1卷，制造1卷，荒政18卷。

軍事：軍事思想

徐光啟認(rèn)為農(nóng)業(yè)為富國(guó)之本，正兵為強(qiáng)國(guó)之本，所以徐光啟一貫重視軍事科學(xué)技術(shù)的研究。徐光啟便在《擬上安邊御虜疏》中提出了“設(shè)置險(xiǎn)阻、整頓車馬、儲(chǔ)備軍事器械、打造將帥之才、訓(xùn)練戎卒、嚴(yán)格制度、賞罰分明”，但他認(rèn)為這些都不過(guò)是“世俗之談，國(guó)家的想法”。

他御敵疏的中心內(nèi)容則是“在這么多話中，有兩句非常重要。一句是求精，一句是責(zé)實(shí)。一旦求精，就有深謀遠(yuǎn)慮的人互相學(xué)習(xí)，不隨時(shí)間逝去；一旦責(zé)成事實(shí)，就會(huì)忠君愛(ài)國(guó)之士為國(guó)家考慮，十倍于賈誼也未嘗不可?！薄扒缶焙汀柏?zé)實(shí)”是徐光啟軍事思想的核心。

練兵

徐光啟大力宣揚(yáng)管仲“八無(wú)敵”（材料、工藝、武器、選兵、軍隊(duì)的政教素質(zhì)、練兵、情報(bào)、指揮）和晁錯(cuò)的“四預(yù)敵”（器械不利、選兵不當(dāng)、將不知兵、君不擇將”）。做到“八無(wú)敵”即可無(wú)敵于天下，如果是“四預(yù)敵”則兵無(wú)不敗。據(jù)此他提出了“極求真材以備用”。

“極造實(shí)用器械以備中外守戰(zhàn)”，“極行選練精兵以保全勝”，“極造都城萬(wàn)年臺(tái)（炮臺(tái)）以為永永無(wú)虞之計(jì)”，“極遣使臣監(jiān)護(hù)朝鮮以聯(lián)外勢(shì)”《徐光啟集·遼左陷危已甚疏》。這些辦法和措施，都是“八無(wú)敵”、“四預(yù)敵”思想與“求精”、“責(zé)實(shí)”精神相結(jié)合的產(chǎn)物。尤其值得提及的是，徐光啟和當(dāng)時(shí)的登萊巡撫袁可立都是積極主張從戰(zhàn)略上強(qiáng)化對(duì)朝鮮控制的少數(shù)軍事戰(zhàn)略家。